Obec Zlonín, jež byla statkem kapituly Pražské, se píše roku 1367 Zlonyn, roku 1369 Zlanyn, roku 1384 Slonyn. V roce 1436 zapsal císař Zikmund Zlonín spolu s obcemi Veltěž, Přemýšlení, Zdiby a Větrušice panu Jindřichovi z Lerojid, později tato zboží vyplatil král Jiří, ale opět je zastavil dvěma staroměstským měšťanům, jejichž potomci je postoupily Janu Pytlíkovi ze Zvoliněvsi (před rokem 1519). Ale v roce 1522 vynili Hromadové z Boršic a na Klecanech před králem jeho syna Jana Pytlíka a vdovu Kateřinu, že oni mají k uvedeným vsím "lepší právo". Roku 1578 vyplatil vesnici probošt Pražského hradu a Zlonín potom náležel až do poloviny 19. stol. ke statku Dejvice. Jméno bylo odvozeno z osobního jména Zloňa.