Ryjice, jako jedna z mála obcí na ústecku, se mohou pochlubit písemnou zmínkou již od roku 1186 a to v latinském jazyce jako "VILAS RIGICI". Bylo to patrně v souvislosti s tím, že byly roku 1169 spolu s nedalekými Povrly a Roztoky věnovány králem Vladislavem I. řádu Johanitů (v roce 1186 byla zmiňována jako jejich zboží). Druhou možností zůstává zmínka v písemnostech o tom, že obec darovali Měšek a Hroznata z Peruce řádu Johanitů, ale až o deset let později, tedy v roce 1179. Po roce 1400 byly Ryjice začleněny k panství hradu Blansko.
Můžeme předpokládat, že šlo o kruhovou slovanskou osadu, tvořenou několika z části zahloubenými chýšemi a otevřeným ohništěm. Rozrodem pak postupně vznikla přípotoční protáhlá ves. Její poloha neskýtala vhodné půdní podmínky pro rozsáhlejší polní hospodářství a tak své opodstatnění nachází domněnka, že základem pozdější vsi bylo několik domkářských a zahradnických usedlostí. Obyvatelé se živili převážně prací v lese, výrobou smoly a také jako lodníci na blizkém Labi.
Na konci 16. století byly postaveny ve střední části domy čp. 11, čp. 12, čp. 13, mlýn čp. 25 v Zadních Ryjicích a rychta čp. 31. Ostatní domy tu byly postaveny až po třicetileté válce, mlýn čp. 8 v roce 1848. Po třicetileté válce se zde rozšířilo také pěstování lnu a ovocnářství. S téměř idylickým charakterem Ryjického potoka, hluboko zaříznutého do příkrých strání, ostře kontrastuje fakt, že často přinášel zkázu v podobě samovolných sesuvů podmáčené půdy.
Po velkých deštích v roce 1770 došlo k tak výrazným sesuvům půdy, že bylo rozhodnuto potok regulovat. Kromě několika menších jezů a stupňů brzdících prudký spád byl v obci vybudován 15 m vysoký, v koruně 40 m dlouhý a u paty 9 m silný jez, aby zadržoval pohyb kamení a zpomalil proud tekoucí vody.
V letech 1850-80 se obec stala osadou vsi Mirkov, od roku 1880-1980 se však stala znovu obcí. V novodobých dějinách významnou roli pro rozvoj obce sehrála její geografická poloha. Tato lokalita je doslova omývána vzdušnými proudy severozápadních větrů, přinášejících vlhký mořský vzduch. Toho v roce 1895 využil spolek pro stavbu dělnické léčebny v Ryjicích s názvem "Sanatorium pro plicně choré" a v roce 1902, za finanční podpory Heleny Petschkové byl otevřen první pavilon nazývaný HELLENENHEIM, v tomto roce se byla také rozšířena kapacita z 26 na 50 lůžek. V roce 1906 se do projektu zapojila hornická Ústřední bratrská pokladna v Mostě, a v Ryjicích postupně vznikla rozsáhlá léčebna s kapacitou 160 lůžek. Ta pak sehrála důležitou roli v boji se zákeřnou tuberkulózou i po II. světové válce. Dnes je areál zcela zrekonstruován a využíván jako léčebna dlouhodobě nemocných (LDN), náleží do správy Masarykovy nemocnice Ústí nad Labem a areál budov je státem chráněnou kulturní památkou. V prostorách léčebny se nachází 43 m hluboká artézská studna s vodou teplou 12° C, tedy asi o 4° C teplejší, než dodávají okolní studny.
Po roce 1945 se samostatné Ryjice staly v roce 1980 součástí Neštěmic a spolu s nimi v roce 1986 dokonce částí Ústí nad Labem. V rámci demokratizace společnosti se v roce 1990 opět osamostatnily.