Stáří obce sahá pravděpodobně až do 11. století, ale písemné zprávy nejsou. Je však známo, že ves Černíkovice se původně nazývala Grunov, snad až do začátku 14. století. První písemné zprávy jsou až od roku 1354. Během času se vystřídalo velké množství jmen, které jsou s Černíkovicemi spjata. Podle kusých zpráv byla v roce 1354 obec majetkem Jana Ovčíře ze Žampachu, pána na Uhřínově.

Roku 1376 uvádí se jako pán nad Černíkovicemi Kolda ze Žampachu, ale jakým způsobem obec nabyl, není známo. Léta 1407 a 1415 připomíná se jiný Kolda ze Žampachu. V Červenci roku 1441 byly Černíkovice obléhány Jetřichem z Miletínka, neboť Kolda působil jako škůdce zemského zřízení.

Po třech týdnech byly Černíkovice dobyty. Roku 1457 se Černíkovic zmocnilo vojsko Jiřího z Poděbrad i s jinými hrady je pobořilo a byly připojeny k panství Jiřího z Poděbrad. Po jeho smrti připadla obec jeho synovi Bočkovi z Kunštátu, po něm je zdědil roku 1491 jeho starší bratr Jindřich z Munsenberka. Ten veškeré své statky prodal roku 1495 Vilémovi z Perštejna.

Dalším držitelem byl Arnošt Falckrabě na Rýně. Ten postoupil Černíkovice a okolní vsi roku 1558 Matyáši Dobšovi z Olbramovic. V tento čas byla postavena tvrz na místě, kde dnes stojí zámek.

Od roku 1572 odkázal zboží černíkovské, které obsahovalo mimo tvrz Černíkovice vsi Domašín, Třebešov, tvrz pustou Ostrov, ves Hrošku a v Újezdě „dva člověky“, paní Barboře Trčkové z Bibrštejna. Od roku 1585 zdědil po ní statky její manžel Jetřich starší ze Žerotína, který je roku 1592 odkázal své druhé ženě Lidmile z Kolowrat. Ta působila na panství asi do roku 1606. Po ní byla majetnicí Černíkovic pověstná Majdaléna Trčková z Lobkovic. Byla velmi krutá, utiskovala poddané, byla lakomá a nelidská. Měla přezdívku „Tlustá Manda“.

Po její smrti zdědil Černíkovice syn Erdman Trčka z Lípy, který byl roku 1634 v Chebu spolu s Waldštejnem zavražděn. Jen několik měsíců měl tyto statky v držení jeho otec. Ten je odkázal své neteři Maxmiliáně Trčkové z Harrachu, která je držela opět jen krátce. Po skončení Trčkovského procesu připadly jejich statky císaři Ferdinandu II., který je věnoval roku 1636 Jindřichu Krafftovi z Lammersdorfu. Panství obsahovalo rytířské sídlo Černíkovice, Domašín, Třebešov, Byzhradec, Hrošku, Roudný a 7 vesnic od opočenského panství. Krafft dal postavit nový kostel „Na vinici“ u lesa nad Černíkovicemi, kde stojí dodnes. Bylo to roku 1652. Z rodu Krafftů se vystřídalo 7 synů, dcer i manželky. Poslední Lidmila Františka z Lobkovic prodala panství se všemi vesnicemi roku 1676 Františku Karlovi Kolowratu z Libštejnských, pánu na Rychnově za 108.500,- fl.uh a od té doby jsou Černíkovice trvale spjaty s Rychnovem.

Zde se vystřídalo několik pánů : Norbert Leopold, František Karel, František Josef otec, František Josef syn, nejvyšší purkrabí Království českého. I jeho syn Antonín Libštejnský z Kolowrat byl hejtmanem měst pražských, zemským komisařem a později nejvyšším purkrabím v Čechách.

Byl horlivým buditelem řeči a historie české, zakladatelem vlasteneckého muzea. Věnoval pozornost průmyslu a rolnictví.Působil na státním ministerstvu ve Vídni. Českému muzeu zanechal 35.000 knih. Po něm byly Pražské Příkopy nazvány třídou Kolowratskou.

Nástupcem se stal Hanuš Karel Kolowrat z Kolowratských. To už se psal rok 1861. Po něm se ujal panství Teodor Kolowrat z Kolowratských 1872 - 1875, dále Zdeněk Kolowrat Kolowratský, dědičný člen panské sněmovny, dramatický spisovatel, zemřel raněn mrtvicí při honu r. 1892. Ovdovělá hraběnka byla nucena se o panství soudit s příbuzným hrabětem Leopoldem z Kolowrat. Soud dopadl ve prospěch nejstaršího syna Bohuslava z Kolowrat r. 1901. Byl dědičným členem panské sněmovny za vlády císaře Františka Josefa I., výtečným hudebníkem a skladatelem, poslancem na sněmu Království českého. Hrabě Bohuslav Kolowrat zemřel 1934 a panství převzal jeho bratr Zdeněk a pak dále Hanuš Kolowrat. Po dobu okupace byla na velkostatek i na celé Kolowratské panství dosazena nucená správa.

V říjnu 1934 byl velkostatek předán do rukou oddílu SS. Po válce přechází statek do rukou Kolowratů, majitelem je opět Hanuš Kolowrat. V roce 1948 je velkostatek znárodněn. V roce 1990 požádal pan hrabě Kryštof Jaroslav Kolowrat Krakowský o navrácení majetku a tento majetek je vrácen ač značně zdevastován. Po úmrtí Kryštofa Kolowrata v roce 1999 dědí majetek jeho syn Jan Egon Kolowrat Krakowský.