Historie obce sahá do 2. poloviny 12. století, kdy tuto část severovýchodních Čech získal do svých mocenských zájmů mocný rod z Kladska. K jeho představitelům patřil i Lutobor, jehož jméno se odráží v názvu obce. Tvrz litobořská se poprvé připomíná v roce 1369 Ješkem (Janem) z Litoboře. Dřevěná tvrz pánů litobořských stála na samotě Turyň. V současné době je na místě bývalé tvrze obytné a hospodářské stavení čp. 1, ve kterém žije již po 3 století rod Vondráčků. Od roku 1372 sídlí na Litoboři bratr Ješka, Litek Hanuš z Chlumu, který je též spolupatronem kostela na Hořičkách. Jeho nástupci se nazývali Litobořskými z Chlumu. V letech 1433 – 1448 byl pánem Litoboře, Hořiček a Libňatova Václav z Chlumu. Ten v roce 1448 zapsal panství jako věno své manželce Kateřině na Hořičkách a Libňatově. Věno si poté vyprosil Jan Jiří z Chlumu, který se již od roku 1464 jako pán litobořský připomíná, neboť tohoto roku nechal postavit rychtu v Libňatově a dal vyroubiti kostel boušínský – dřevěnou kapli (pověst o hluchoněmé dcerušce litobořského pána). Po něm panství drželi jeho dva synové Arnošt a Jan, který též vlastnil Žireč, Sekeřice, Milčeves, Jenštejn a Pecku. Od obou bratrů koupil Litoboř Kryštof ze Švamberka, ale již v roce 1517 prodal Litoboř, Chlístov a Hořičky Petrovi Adršpachovi z Dubé. Od těch dob patřila Litoboř k panství rýzmburskému, tvrz přestala být sídlem a pustla. Pán z Dubé již v roce 1527 postoupil panství Zdeňkovi z Rožmitálu a Janu Krušinovi z Lichtenberka a od nich v roce 1534 rozsáhlé panství koupil Jan z Pernštejna. V kupní smlouvě je již Litoboř uváděna jako tvrz pustá a ves. V roce 1544 panství kupuje Bernard Žehušický z Nestájova. Obec postupně přecházela do vlastnictví několika dalších představitelů tohoto rodu a v roce 1578 je obec jako dědictví vlastnicky rozdělena sestrám na dvě části. Část rýzmburského panství s polovinou Litoboře, k Hořičkám položenou, prodává v roce 1586 Magdalena Úlibská z Nestájova Jiříkovi Dobřenskému z Dobřenic, držiteli Třebešova. Ten panství prodává v roce 1603 Albrechtu Václavovi ze Smiřic. Po jeho smrti je vlastníkem jeho manželka, Hedvika z Hasenburka, s níž se tato část Litoboře stává roku 1613 součástí náchodského panství. Druhou část Litoboře, ke Slatině položenou, prodává druhá sestra z Nestájova, Alžběta Bohdanecká na Teplici, v roce 1595 Petru Strakovi z Nedabylic, pánu ve Studnici a Šonově. Tuto část, včetně Mečova, kupuje v roce 1637 spolu s Heřmanicemi Octavio, kníže Piccolomini, a od tohoto roku tedy celá obec patří k náchodskému panství. Rod Piccolominiů vlastnil Náchod do r. 1787, kdy se držení ujímá Josef Vojtěch, hrabě Desfours, syn Ludmily Piccolomini. Petr, vévoda Kuronský a Zaháňský kupuje panství v r. 1792. Jeho dcera, ratibořická paní kněžna z Babičky, vládla od roku 1800 do roku 1839. V roce 1840 kupuje panství hrabě z Lippe-Bisterfeldu a od něj jej kupuje rod Schamburg-Lippe, který jej vlastní od r. 1842 do r. 1945.            

V poválečné historii obec poznamenalo působení diverzanta Stejskala v obci koncem roku 1951, který podle jeho prohlašování měl bránit násilné kolektivizaci zemědělství. Za kontakty s ním byli 2 lidé z Litoboře odsouzeni k trestu smrti a dalších 11 k mnohaletým žalářům a propadnutí majetku. Akce tak ve skutečnosti kolektivizaci napomohla a urychlila ji.            

Rozvoj obce ovlivnilo i přičlenění ke střediskové obci Hořičky v roce 1960, pod jejímž spravováním byla obec 30 let. V roce 1990 se obec Litoboř od střediskové obce oddělila a stala se opět samostatnou obcí s vlastním obecním úřadem.             Nejvíce obyvatel měla obec v 19. století, v roce 1833 zde žilo 525 obyvatel, v roce 1882 spolu s Křižanovem a Mečovem (patřily k Litoboři až do roku 1960) 857 obyvatel. V dalším období se počet snižoval – na přelomu století 472, v roce 1930 pak 334 a v roce 1960 (sloučení s Hořičkami) 216 obyvatel.