Nejstarší zmínka o vsi je z roku 1352, kdy náležela obvodu třebenického děkanátu. Na kozlovské tvrzi sídlil rod Kozlovských z Kozlova ještě před druhou polovinou 14. století, kdy se část vsi stala církevním majetkem. Na druhé polovině vsi, na tvrzi, se střídaly drobné šlechtické rody, tehdy spřízněné s původním rodem Kozlovským buď sňatkem nebo dědictvím.

Tvrz se dokládá už v roce 1382, kdy na ní sídlil Přech ze Žižkova, jeho manželka byla z rodu Kozlovských. Potomci jejich připomínají se ještě v roce 1430. Potom připadl statek královské komoře a král Ladislav Pohrobek ho postoupil v roce 1454 Jakubovi Lankašovi z Nepomyšle. Tvrz se připomíná ještě v roce 1571, kdy ji vlastnil Kuneš a Tloskova. Za jeho syna Viléma, který zemřel před rokem 1531, nebo vnuka Jana Kuneše koupila Kozly pražská kapitula, která je držela až do českého stavovského povstání 1618-1620. V roce 1620 prodali čeští stavové Kozly Janu Charvátovi z Berštejna. Ale již v roce 1623 v rámci rekatolizace byly Kozly opět odebrány Janu Charvátovi a kapitula se stala opět majetkem vsi. V té době byla také zrušena tvrz. V archivu se pouze uvádí dvě krčmy v Kozlech, avšak tvrz již zanikla.

Z Kozlů se dodávalo na pražskou kapitulu víno, které bylo odebíráno z Chrámců, svěřeného panství, kterého se církev nezmocnila. V Chrámcích je z tehdejší doby pojmenován sv. kopeček Weinberg, na jehož jižní straně se pěstovalo víno.

Původní rod Kozlů, který vlastnil tvrz a ves již před rokem 1300, pocházel z drobné šlechty české, která byla v průběhu dějin likvidována rozpínavostí církve a po Bílé hoře se uchýlila na méně exponovaná místa v Čechách a na Moravě. V Kozlech byl tlak na získávání vsí a majetků ze strany církve a bílinských hradních pánů, především Mikuláše Lobkowice, který spolupracoval s církví, a potomky Albrechta z Koldic, jehož rod pocházel z Míšeňska. Albrecht byl věrným přívržencem a rádcem Zikmundovým a jako člen, velmi horlivý, strany podjednou bojoval proti husitům.

Chasa v Kozlech nebyla nikdy daleko od rány. V roce 1605 byl ve rvačce v jedné ze dvou hospod zabit zdejší sedlák Izajáš. Dramatičtější případ se stal o jedenáct let později. Majitel Bělušic, Adam Charvát z Berštejna, se se svou čeledí dostavil na tancovačku v Kozlech. Neurvale nutil místní selky, aby s ním tančily. Došlo k pranici, během níž byl šlechtic lynčován a zranění podlehl. Svědky vyslýchal lounský soud.

Kozly byly za 1. republiky převážně německou obcí. Roku 1921 tu žilo jen 17% Čechů. Nejvíc obyvatel měla obec, k našemu okresu připojená teprve 1960, roku 1869 - celkem265. V roce 1993, kdy se obec osamostatnila odčleněním od obce Libčeves, zde bylo hlášeno 98 obyvatel, o 50 méně než při minulém sčítání.