V rudolfínské době dosáhly Chotusice takového rozkvětu, že na ně bylo v roce 1601 přeneseno císařským majestátem postavení městečka, které císař Rudolf současně odňal Žehušicům. Nadto ještě získalo městečko výroční trhy na koně, hříbata a dobytek (každých čtrnáct dnů "s frejunkem" - tj. zábavou) a obyčejný týdenní trh každou středu. Clo a mejto bylo císařským majestátem stanoveno : z každého koně, klisny a hříběte 2 denáry bílé z každého vola, krávy a jalovice 1 denár bílý, z každého telete, kozla, kozy, cápa, berana, skopce, ovce, jehněte, vepře 1 denár malý. Chotusice dostaly také erb, týž, který měly předtím Žehušice a právo pečetit listiny zeleným voskem, což byla rovněž významná výsada. Především se tu však mohli volně usazovat řemeslníci a obchodníci. Městečko se stalo známým, např. roku 1613 o něm psal Samuel Trojan z Bylan radě města Kouřimě. V době bělohorské katastrofy spravoval chotusickou náboženskou obec kněz podobojí Martin Philadelphius Chlumecký, přítel kutnohorského arciděkana Štefana, jemuž byl 21. února 1621 na svatební hostině. V kutnohorském archivu je velký pergamen z 30. prosince 1622, jímž purkmistr a rada města Čáslavě stvrzovali, že byl Philadelphius s manželkou Dorotou "v řádném a poctivém stavu manželském" a že jejich syn Adam je "syn z poctivého lože manželského". Starší syn Samuel studoval r. 1603 ve Zhořelci a jmenovaný Adam přišel do Zhořelce na gymnasium 23. května 1623. Po dvou stoletích se začal zavádět nový pořádek, návrat ke katolické víře - rekatolizace. První postižení byli právě kněží podobojí. Současně bylo nutno snášet útrapy třicetileté války. V r. 1629 byl šenkýř Jan Kejhal z Chotusic přijat za měšťana malostranského. V urbáři z roku 1643 je zaznamenáno, že na mostě z Chotusic do Žehušic stála prachárna, v níž Jiří Šebek dělal střelný prach ze sanytru kupovaného z Kutné Hory. Pro žehušickou vrchnost byla libra za 24 zl., pro jiné za 35 zlatých. V témž urbáři je i panský dvůr výměry 8 lánů (Panský lán = 23,28 ha, Kněžský lán = 25,62 ha, Selský lán = 18,6 ha, strych = korec = 1/2 jitra, míry), kde bylo 16 koní, 20 krav, 20 jalovic, 50 ks vepřového dobytka, 40 ovcí. Podle berní role (daňového výměru) z roku 1654 bylo v Chotusicích 5 rolnických gruntů, 3 chalupníci a 5 "zahradníků" (měli méně než 2,5 ha). Komise při soupisu poznamenala, že "hrubě dobře sobě sedějí". Nejbohatší byl Kryštof Bukovský - 96 strychů polí, 9 koní, 17 krav, 13 jalovic, 86 ovcí, 31 sviň. 19 stavení, z toho 11 rolnických gruntů, bylo opuštěných, spálených a rozbořených. Vrchnost zde však měla ještě chmelnici a bažantnici a přisvojovala si užitek z opuštěných polí. Roku 1661 získal celé panství Michael hrabě z Thunu - Hohensteinu. Prvním katolickým farářem byl Zikmund FrantišekVotava, který musel důsledně hlásit neplnění církevních přikázání, stejně jako jeho následovníci Jan Václav Klimeš a Kašpar Bollinger. V roce 1671 nepřišlo o velikonocích ke sv. přijímání 12 osob, r. 1672 pět osob, 1673 šest, 1674 tři, 1675 patnáct, 1681 čtyři, 1683 sedm, 1684 deset. Údaje byly zapisovány jmenovitě, jsou svázány podle roků v knihách a uloženy v archivu arcidiecése v Praze. Knižně je vydal Dr. V. J. Šimák jako "Zpovědní seznamy" - (Chotusice díl II., str. 533). Na farní škole nastoupil v roce 1677 učitel Jiří Kavka, tehdy šestnáctiletý, aby tu působil téměř 40 let (podle zápisu v malínské kronice). Obraz sv. Václava z roku 1666 pražského rodáka Filipa Mazance se z kostela ztratil a je nahrazen novějším. K roku 1694 se již připomíná také kaplička sv. Jiří při silnici směrem k Žehušicům, která ovšem měla tehdy jinou podobu než dnes.