První písemná zmínka o Hlízově, původně Hlídov pochází z r. 1143, kdy byl darován nově založenému sedleckému klášteru,v jehož držení byl až do husitských válek. Po té následovalo několik majitelů, mezi nimiž se často vedly spory o vlastnictví Hlízova.

Až do r. 1547 stála v osadě tvrz, která však nebyla obydlena a začala chátrat. R. 1657 se dostal Hlízov do majetku rodiny Šafmanových. V 18. století zde byl vystavěn pozdně barokní zámeček. Při zámku na památku svého otce, dala vystavět Anna Šafmanová r. 1746 kapli. Při zámku vznikl hospodářský dům, který byl výrazně přestavěn počátkem 19. století Teprve r. 1791 koupil Hlízov Jan Rudolf Chotek, který jej připojil ke svému novodvorskému panství. Součástí novodvorského velkostatku zůstal Hlízovský dvůr i po zrušení vrchnostenské správy v roce 1848.

Po vzniku republiky byl z jádra dvora vytvořen zbytkový statek, jenž později koupil Ovčárenský akciový cukrovar a část pozemků byla parcelována. Během druhé světové války dostala železnice probíhající v sousedství druhou kolej. Počet obyvatel Hlízova s výjimkou závěru 19 století postupně klesal. Jako u typické vesnice na železnici, značná část obyvatel dojížděla do zaměstnání do Kolína i Kutné Hory. Z toho také vyplývá jejich sociálně demokratická orientace odlišující je od agrárnických obcí. Velké množství dělníků rovněž způsobilo, že právě zde vzniklo v roce 1949 jako vůbec první na okrese JZD. JZD později vplynulo do JZD Kačina. Přestože se počet obyvatel obce snižoval, počet domů,  zejména v meziválečném období výrazně stoupal. Rovněž po válce vyrostla v Hlízově celá řada nových domů. Od 60. let byl Hlízov přechodně spojen s Novými Dvory, ale po roce 1989 se opět osamostatnil.

V těsné blízkosti Hlízova vedla již v 11. století od Malína stará zemská stezka. Dnes ji již spatřit nemůžeme, její základy skryla císařská silnice vybudovaná v 18. století - dnešní silnice Čáslav - Kolín. Roku 1870 byla v sousedství vesnice vybudována Severozápadní dráha. Jan Rudolf Chotek dal r. 1898 vystavěl okresní silnici, spojující Hlízov se Sv. Kateřinou a erarní silnicí.

Na východní straně Hízova teče říčka Klejnarka, na níž byl v první polovině 18. století vystavěn mlýn, počátkem 20. století modernizovaný. K Hlízovu náležela samota Skalka, nacházející se při kolínské silnici. V sousedství této samoty se rozkládal veliký rybník Brůdek, přeměněný počátkem 20. století na pole. Vlastní jednotřídní školy se Hlízov dočkal r. 1861. Jednoduchábudova však brzy přestala vyhovovat svému účelu a rychle zchátrala, a proto byla r. 1907 postavena nová moderní škola, v jejimž sousedství byl založen i park. Elektrifikace obce byla provedena 1914.