Osudy Bernardova jsou od počátku spojeny s novodvorským panstvím. Obec dal založit hrabě Bernard Věžník roku 1680 na pozemcích sousedního kobylnického dvora. Od Lukaveckých z Lukavce koupil pozemky v sousedství dvora a usadil zde 10 chalupníků. Z těchto skromných začátků vyrostla současná obec. Po zániku novodvorského panství v roce 1848 se Bernardov od stal osadou Kobylnic. Osamostatnění mu přineslo až převedení Bernardova do okresu Přelouč v roce 1948. V roce 1960 byl převeden zpět do nově vzniklého sloučeného okresu Kutná Hora. Roku 1980 byl začleněn Bernardov do střediskové obce Mikuláš. Po roce 1989 se opět osamostatnil. Bernardovský dvůr zůstal součástí velkostatku Nové Dvory. Koncem 19. století byl odprodán rodině Milíků, kteří zde hospodařili až do roku 1948. Poté se dvůr stal základem bernardovského JZD, které zde vzniklo pozdě - až v roce 1957. Svojí samostatnost si udrželo i v roce 1960, kdy se okolní družstva slučovala do větších celků. V roce 1975 však bylo družstvo zahrnuto do JZD Kačina v Mikuláši. V současné době v obci ZOS Kačina provozuje bramborárnu a probíhá zde výstavba porodny prasat.
Vrcholu svého demografického rozvoje dosáhl Bernardov v roce 1880, kdy zde mělo svůj domov 338 obyvatel. Poté již bydlelo v Bernardově stále méně lidí. Stavební rozvoj obce byl víceméně plynulý, počet domů v obci se postupně zvyšoval z 40 začátkem druhé poloviny 19. století až na dnešních 88 domů. Část z nich však již slouží jen rekreaci.