Nebovidy jsou podle profesora Augusta Sedláčka v jeho díle Místopisný slovník království českého i dle zmínky v jeho monumentálním díle Hrady, zámky a tvrze království Českého poprvé uváděny v roce 1235. Některé jiné prameny uvádějí první zmínku o obci v roce 1268, kdy měl v Nebovidech majetek Kunata z Nebovid, ale informace A.Sedláčka jsou seriózní a mají vědecký základ, rok 1235 je tedy možno považovat za správný.
Klíčovou roli při vzniku obce a jejích prvních let hrál rod pánu z Nebovid. Tento rod měl ve znaku stříbrný kosmý pruh nebo břevno v červeném poli. Tento znak byl použit jako základ pro nový znak obce a z něho odvozená vlajka obce v roce 2005.
Na počátku 14. století náležela ves Pavlovi z Nebovid uváděnému v létech 1325-1327. V průběhu 14 století byly Nebovidy rozděleny na 2 části a při každé z nich vznikla i tvrz. Jedna část Nebovid náležele v roce 1439 Baltazarovi (Baskovi) z Nebovid a jeho bratru Kašparovi z Nebovid, zakladateli zemanské rodiny Kašpárků z Nebovid. V této době se zde také poprvé připomíná tvrz.

V roce 1473 převzal tuto část vsi s tvrzí, která se tehdy nazývala okrouhlá, Baltazarův syn Jindřich z Nebovid. Předek zemanské rodiny Chotouchvských z Nebovid. Jindřich již předtím získal i drhou část vsi, kde rovněž stála tvrz. Ještě v témže roce prodal celé Nebovidy Janu Plzákovi z Nebřezin, od něhož v roce 1477 získal kutnohorský měšťan [tvrz v Nebovidech] Mikuláš Rezek z Veselé. V této době byla zřejmě tvrz Okrouhlá opuštěna a majitele obývali tvrz v druhé části vsi.

Opuštěná tvrz Okrouhlá byla přeměněna na faru, neboť původní nebovidská fara byla za husitských válek zničena. Fara byla několikrát přestavována, v roce 1900 vyhořela a její zbytky byly zbořeny. Zůstali z ní zachovány pouze sklepy, které jsou nyní ve dvoře nové fary. Tyto sklepy je možno považovat za jediný zbytek tvrze okrouhlé.

Druhá část Nebovid náležela v roce 1407 Janovi ze Struhařova. Jeho nástupce Petr ze Struhařova ji před rokem 1436 posoupil Václavovi z Klenové. Václa prodal v roce 1436 tvrz a dvůr Nebovidy z části vsi své manželce Machně a jejímu bratru Janovi z Kozojed. A to je první zpráva o druhé nebovidské tvrzi. Dalším majitelem této části vsi a tvrze byl Bohuslav z Nebovid (1487), který je před rokem 1473 postoupil Jindřichovi z Nebovid.