První písemná zmínka o Lipci pochází z r. 1347. Pozdìji (1409) se pøipomíná vladyka Zdenìk z Lipce. Obec byla i ve vlastnictví významného èeského šlechtice Diviše Slavaty z Chlumu a Košumberka, který se proslavil v rebelii roku 1547 proti císaøi Ferdinandu Habsburgskému. Po potlaèení povstání mu byl majetek zkonfiskován.
Dalším významnìjším držitelem panství byl Jan Klusák z Kostelce, jehož zbožná manželka Žofie zde dala postavit roku 1597 
kostel Nejsvìtìjší Trojice. Po roce 1607 byl Lipec prodán císaøi Rudolfu II. a pøipojen ke komornímu panství Podìbrady, kde zùstal až do roku 1848. Další léta patøil k okresu Nový Bydžov. Po reformì roku 1960 k okresu Kolín. Od roku 1990 je Lipec samostatnou obcí.