Kolín byl založen relokací, tj. přesunutím původní trhové osady téhož jména (dnes Starý Kolín) z místa ohrožovaného častými povodněmi řeky Labe na výhodněji položené místo na skále nad řekou. Přesné datum založení města není známo. Opis listiny, kterou král Přemysl Otakar II. dává Kolínským příkaz k opevnění města hradbami a poskytl na čtyři roky úlevu od daní a dalších poplatků, je datována 26. října, letopočet však schází. První datovanou zmínkou o Kolíně je listina ze dne 8. září 1261, jíž Přemysl Otakar II. uděluje městu Přelouči stejná práva a svobody, jako mají města Kolín a Kouřim. Je tedy jisté, že před tímto datem již byl Kolín fungujícím královským městem. Město bylo založeno v místě staršího osídlení, o čemž svědčí četné archeologické nálezy. Bylo vytýčeno na pravidelném půdorsu ulic, který se v podstatě zachoval až do současnosti. Ve starých zápisech je zmiňováno pod latinským názvem Colonia Nova ad Albim (Nový Kolín nad Labem) nebo Civitas Colonia (město Kolín), případně německy Koln uf der Elbe. Nejpravděpodobnější výklad českého názvu Kolín počítá s tím, že název byl přejat od původní osady, ležící v místech, kde byly břehy a půda, často zaplavované vodou, zpevňovány kolením – zatloukáním dřevěných kůlů. V nejvýše položeném místě u hradeb byl zřejmě krátce po založení města rozestavěn raně gotický kostel svatého Bartoloměje, dokončený před rokem 1300. Zpočátku byl Kolín královským horním městem, které se podílelo na těžbě stříbra na nalezištích, která se nacházela jihovýchodně od města. O tato naleziště vedl Kolín spory s nedalekou Čáslaví. Roku 1291 vzniklo na místě hornické osady město Kutná Hora. Přemyslovští králové Přemysl Otakar II. a Václav II. udělili městu řadu privilegií a výsad. Prvním dochovaným je privilegium datované 24. května 1285, jímž Václav II. bere kolínské měšťany pod svoji ochranu před zlovůlí šlechty a nařizuje, že spory mezi měšťany a šlechtou mají být souzeny výhradně samotným králem. Kolínští měšťané jakožto obyvatelé královského města nepodléhali světské nebo církevní vrchnosti, ale přímo králi, kterého zastupoval královský rychtář, jehož jmenoval panovník z předních mužů města. Město bylo řízeno sborem dvanácti konšelů, kteří byli jmenováni královským podkomořím na dobu jednoho roku a střídali se po měsíci ve funkci purkmistra (předsedy městské rady). Rychtář měl k ruce písaře, kerý byl zároveň městským právníkem, vyhotovoval listiny, zapisoval usnesení městské rady a vedl městské knihy. Rychtář i konšelé kromě správy města měli i soudní pravomoc ve městě a jeho okolí (tzv. městském šosu neboli vykpildu). Doba Lucemburků Po vymření Přemyslovců (1306) dobýval město v roce 1307 římsko-německý král Albrecht I. Město se však pod vedením Jaroslava ze Žerotína ubránilo. Na podzim 1310 ke Kolínu přitáhl nově zvolený český král Jan Lucemburský a dožadoval se oetevření bran a korunovace v chrámu sv. Bartoloměje. Konšelé se však obávali trestu dosud vládnoucího Jindřicha Korutanského a nového krále do města nepustili. Ten pak po dobytí Prahy v prosinci 1310 město potrestal odnětím hospodářsky důležitého práva skladu zboží a udělil toto právo Nymburku. Po jednání s měšťany jim však toto právo ještě 31. prosince nejen navrátil, ale také se zavázal, že město nezastaví, a udělil mu právo výročního trhu o svatém Bartoloměji. Jan Lucemburský udělil Kolínu celkem čtyři privilegia, jeho syn Karel IV. jich udělil dokonce čtrnáct. V roce 1363 nařídil, že všichni plavci, kteří plavili dříví po Labi, museli v Kolíně zastavit na čtrnáct dní a prodávat dřevo výhradně kolínským měšťanům a kutnohorským horníkům (tzv. právo skladu dřeva). V roce 1349 vyhořel chrám sv. Bartoloměje. Roku 1360 zahájil na popud Karla IV. rozsáhlou přestavbu jeho dvorní architekt Petr Parléř. Václav IV. svěřil roku 1381 Kolínu úřad popravy a udělil roku 1391 důležité právo mílové, podle kterého nesměla být v okruhu jedné míle žádná krčma nebo řemeslná dílna. Udělená královská privilegia zajistila městu prosperitu a podporovala jeho rozvoj jak uvnitř hradeb, tak i na předměstích – Čáslavském (Horském), Kouřimském a Klášterském (Pražském). V roce 1410 prodal sedlecký klášter Kolínu obec Mnichovice, ležící na pravém břehu Labe, čímž vzniklo předměstí nazývané Zálabí. V roce 1402 přitáhl ke Kutné Hoře uherský král Zikmund a jeho vojsko vyplenilo široké okolí včetně kolínských předměstí. Roku 1413 postihl město ničivý požár. Husitská revoluce Po smrti Václava IV. a vypuknutí husitské revoluce v roce 1419 stáli představitelé města – patriciát tehdy tvořili především Němci – na straně nově zvoleného krále Zikmunda. Po jeho porážce v bitvě na Vítkově a vyhnání ze země se město roku 1421 pod vlivem poplašných zpráv o husitském tažení a plenění okolníc měst a ze strachu z pomsty dobrovolně husitům vzdalo. Husité město ušetřili, ale vypálili dominikánský klášter a mnichy spolu s kolínským děkanem Hynkem z Ronova upálili před Kouřimskou branou. Listem datovaným 7. května 1421 se Kolínští zřekli krále Zikmunda, uznali čtyři pražské artikule a slíbili věrnost kalichu. Ze strachu před husity se některé německé rodiny vystěhovaly z města. Do městské rady a dalších funkcí se dostali čeští příslušníci středních vrstev z řad řemeslníků. Počeštění města se promítlo také v městských knihách, které byly od té doby psány česky – předtím se do nich zapisovalo latinsky nebo německy. Německý patriciát v té době značně zeslábl, po ochabnutí revoluční nálady však začal roku 1423 jednat s pražany proti Janu Žižkovi. V roce 1427 nabyli opět převahy a Kolín se pod jejich vedením dostal na stranu panské jednoty. V prosinci však město dobyli táborité a pražané v čele s Prokopem Holým, vyhnali zbylé Němce a dosadili zde husitskou posádku pod vedením Jana Čapka ze Sán. Tím došlo k úplnému počeštění města, které zůstalo na straně táboritů až do konce husitské revoluce. Po prohrané bitvě u Lipan 30. května 1434 dorazil do Kolína Jan Čapek se zbytky své jízdy, pronásledován vítěznými vojsky panské jednoty. K boji však již nedošlo, obě strany se dohodly a Čapek se podvolil budoucímu zemskému sněmu.