Obec Záblatí byla založena asi koncem 13. století. Ještě založením obce stával v místech dnešního mlýna klášter nebo zemská tvrz. K tomuto původnímu objektu patřil dvůr, který se nacházel v prostoru dnešní samoty Nosků. Nový dřevěný mlýn byl přistavěn ke stávající kamenné budově, která pak sloužila mlynářům jako obytná část. Tato budova se zachovala do současnosti v původním zdivu a je tedy nejstarší budovou v obci.
Nížinná oblast Třeboňska byla v dávných dobách velkým jezerem s močály a lesy,na východě lemovaná kopci kolem Novosedel (Kardašovořečická pahorkatina) a od budějovické pánve byla oddělena vyvýšeným pásmem, táhnoucím se kolem Lišova přes Vitín k Hornímu Bukovsku. Přebytky vod z této oblasti odvádí řeka Lužnice. Osidlování takto nehostinné krajiny probíhalo velmi pozvolna a započalo až v době stěhování národů v 5.- 6. století, kdy do Čech přicházejí z východu slovanské kmeny. Obyvatelstvo využívající k obživě zpočátku převážně lov a pastevectví se začíná zabývat primitivním zemědělství. Vhodné půdy pro pěstování plodin je nedostatek. Je třeba odvodnit bažiny a vykácet lesy. Rozvoj zemědělství zajišťuje lepší výživu obyvatelstva. Lidé se postupně usazují, staví pevnější příbytky a zakládají pole. Jak uvádí Kosmas( + 1125 ), ovládá oblast dolní Lužnice kmen Doudlebů z chýnovského hradiště. Podle písemných pramenů zasahuje župa chýnovská na jihu až za Lomnici, Štěpánovice a Slověnice.
Vznik Lomnice se datuje někam na konec 9. či na počátek 10. století, do doby, kdy ještě mocný rod Slavníkovců ovládal jižní a jihovýchodní Čechy a chránil své državy pomocí rozsáhlého pásma hradišť a pevností. Lomnice, ze tří stran obklopena neproniknutelnými močály, byla v této době téměř nedobytná. Roku 1382 povýšil král Václav IV. Lomnici na město. Důvodem byla lepší obrana před narůstajícím vlivem Vítkovců, ovládajících v té době již valnou část jížních Čech.
Obyvatelé, kteří se v této oblasti usazovali, museli být houževnatí a vytrvalí, neboť osidlování této nehostinné krajiny trvalo celé generace. Původní obec Záblatí se rozkládala více na jih, podél cesty k samotě Jiráčků (Nosků) a zasahovala i do jihovýchodní části Záblatského rybníka. Na severní straně ohraničoval obec potok Stojčín, který přitékal od Drahotěšic kolem současného dvora Švamberka. Dále pokračoval v místech loviště Záblatského rybníka a dál přes Lůstky k řece Lužnici. Patrný byl ještě i za mého mládí. Často jsme si jako děti hrávali na zdejších lukách a dobře si vzpomínám, že původní koryto bylo stále ještě patrné.
Záblatí, stejně jako jiné obce, se v této době nachází z větší části v majetku zemanském. Obec přešla roku 1340 do majetku Zdeňka ze Lhoty. Ten podle archívních zápisů daroval bošileckému kostelu plat dvou kop grošů ze dvou poplatných lánů v obci a jednoho lánu svého. Rovněž kostelu lomnickému odvádí záblatštší platy a naturálie. Dvorec Zdeňka ze Lhoty, shodný s původním dvorem v místě samoty Nosků, měl 4 lány polí (lán nebyl v té době přesně vymezen a jeho výměra byla v rozmezí 50 – 80 strichů). Mimo ornou půdu patřilo ke dvoru mnoho dalších méně výnosných pozemků v podobě pastvin, bažin a lesů. Další zmínka o Záblatí je z českého archívu z let 1380 – 1394 a týká se listiny vyhlášené na lomnickém hradě roku 1389. Podle ní připadá po smrti vdovy po majiteli dvora v Záblatí Janu Špičkovi jedna kopa grošů z ročního důchodu králi. Dále se uvádí, že jmenovaný Špička vlastnil také dvůr v Přesece.
Další zmínky o Záblatí jsou z let 1405 – 1408, kdy se Jan Žižka, v té době ještě neznámý vladyka, potýkal během dobývání Lomnice s Rožmberky. Své výpady vedl z Lužnice, Klece a Záblatí. Roku 1430 přechází obec do majetku pánů ze Šternberka a je připojena k panství bechyňskému. Poté roku 1475 Zdeněk ze Štemberka začal na potoce Stojčíně budovat Záblatský rybník, který roku 1479 rozšířil. Záblatským sousedům přidělil za zatopené grunty náhradní pozemky. Dále stanovil, že z každého výlovu dostanou záblatští džber menších ryb.
Roku 1513 pak koupil obec se statkem a rybníkem Petr z Rožmberka. Toto je asi poslední zmínka o dvoře v Záblatí. Petr z Rožmberka, za jehož vlády vznikalo mnoho rybníků, potřeboval pro své rozsáhlé plány i Záblatský rybník. Tento vladař pak udělil záblatským tzv. právo manské a osvobodil je od „odumrti". Tzn. , že vlastníci mohli volně rozhodovat o svých gruntech. Grunt však mohl být předán pouze jednomu dědici. Toto nařízení platilo až do roku 1868, kdy byla dělba gruntů povolena rakouským parlamentem za vlády Františka Josefa I.