Jako mnoho jiných Lhot v Čechách byla Lhota Zelenská založena Přemyslem Otakarem I. Dle knihy J. Pekaře ve 13. a 14. století vznikly ve zdejším kraji kolonizační osady: Sobotka, Bousov, Markvartice, Bystřice, Lhota Zelenská, Kříženec, Lično a Bačálky.

Lhota je nejčastější český název obce, Lhot - ať již samostatných nebo s přívlastkem je u nás 249 a s různými obměnami (Lehota, Lhotky, Lhůta, atd.) je jich 358. Název Lhota se vysvětluje takto: Kdo se tehdy ve 13. století za osadníka přihlásil a přičinil se k pokácení lesa a zdělání rovin, dostal lán k užívání do jisté lhůty, beze všech platův, kteréž jemu nebo jeho dědicům jeho až do vypršení lhůty jemu stanovené byly. Název Zelenská pochází pravděpodobně od místní polohy Zeleneč zvané, část katastru směrem ke Skuřině, kde se po dnes říká v Zelenčích. Dle starších pamětníků pěstovalo se okolo Zelenské Lhoty hojnost ovocného stromoví, které se v létě zelenalo a od toho dostala prý Lhota svoje jméno Zelenská, ve 20. století byl název změněn na Zelenecká Lhota.

Obec leží v nadmořské výšce 332 m n m.

Do roku 1878 patřila Zelenská Lhota k obci Skuřina. Rozluka od Skuřiny byla povolena dne 1. listopadu 1878 Zemským výborem v Praze, Finančním ředitelstvím v Praze a Okresním hejtmanstvím v Jičíně po tříletém dobývání za starosty Františka Linky, obecního radního z čp.16, Josefa Poláčka, obecního výbora z čp.15 a Jana Egrta, obecního výbora a početvedoucího z čp.30. Nové třídění pozemků a založení Pozemkových knih bylo provedeno 19.května 1881.

V letech 1877-1882 se stavěla silnice od hranic libáňského okresu přes Zelenskou Lhotu do Vlčího Pole a do Markvartic.

V roce 1899 byl v obci založen Sbor dobrovolných hasičů.

V neděli 28.června 1908 byl posvěcen nově postavený hřbitov v Zelenecké Lhotě. Posvěcen byl důstojným panem J.Rejzkem, správcem vikariátu a děkanem v Nymburce.

V roce 1919 byl založen Kroužek divadelních ochotníků, za vedení obětavého pracovníka Františka Hradeckého, rodáka z Rožďalovic, který v Zelenecké Lhotě působil jako řídící učitel.

Spořitelní a záložní spolek Kampelička byl v obci založen v roce 1922.

Elektrický proud byl zaveden roku 1926, za starosty obce Františka Egrta *1886 †1952 čp.30.

Od 10.12.1948 začal jezdit autobus Libáň-Zelenecká Lhota-Jičín. V roce 1961 začal jezdit autobus Libáň-Zelenecká Lhota-Mladá Boleslav. Autobusová čekárna u Bartoňových čp.2, byla postavena v roce 1959. Plechová čekárna před hospodou byla postavena asi v roce 1965, v roce 1999 byla čekárna již velmi špatná, proto byla postavena nová zděná čekárna.

V roce 1948 byl do obce zaveden telefon, každý občan šel pomáhat kopat díry pro sloupy. V roce 2002 byl telefonní kabel zakopán do země.

Od srpna 1961 byly obce Zelenecké Lhota, Záhuby, Bačálky a Lično sloučeny pod MNV Milkovice. Obec Milkovice se od 1.ledna 1994 rozdělila, vznikla nová obec Bačálky - Lično a Milkovice nyní tvoří jen Zelenecká Lhota a Záhuby. Milkovice přestávají být od 1.1. 1995 úředním názvem obce a ta se bude opět jmenovat Zelenecká Lhota. Obec se rozkládá na rozloze 666 ha a tvoří ji dvě katastrální území, a to Zelenecká Lhota a Záhuby.

V roce 1974 byla dokončena stavba nové hasičské zbrojnice, která byla udělána ze chléva domku čp.8, ve staré zbrojnici zůstala ruční stříkačka.