První písemné záznamy o Chudeřicích jsou z roku 1318. Jedná se o zápis do Zemských desek, který provedl Všeslav příjmením z Chudeřic. Název obce vznikl z čeledního jména lidí Chuderových. Chuderové obývali tvrz, o které jsou další záznamy z roku 1386. Záznam je i z období husitských válek z roku 1430.

V 16. století opuštěná tvrz  a okolní dvory přešly k pernštejnskému panství chlumeckému, kde Chudeřice setrvaly až do pádu feudalismu. Poté se osada Chudeřice stala součástí obce Káranice, od které se oddělila v roce 1913 a stala se samostatnou obcí. 

V roce 1923 byla obec elektrifikována, ve 30. letech postavila obecní školu. Jako jedna z prvních obcí vybudovala vlastní kanalizaci. V 60. letech obecní vodovod, v 70. letech mateřskou školu, víceúčelovou požární nádrž, v 80. letech obecní prodejnu, pohostinství a sál. V 90. letech byla obec plynofikována, elektrické vedení bylo uloženo kabely do země. V roce 2006 bylo zkolaudována čistírna odpadních vod.