V písemných pramenech je vesnice Dynín poprvé uváděna již v r. 1341.Petr z Rožmberka tehdy odkázal části vsi dominikánskému konventu v Sezimově Ústí.Dynín tvořil spolu s Bošilcem a Ponědraží základ první dřavy pánů z Rožmberka v této části jižních Čech, ze které po přikoupení okolních vsí vzniklo malé panství se střediskem v Dolním Bukovsku.  Za třicetileté války byl Dynín zcela zpustošen a vypálen. Až po roce 1660, kdy třeboňské panství, a tedy i Dynín, získali Schwarzenberkové, přicházejí noví hospodáři na dynínské pozemky. Po r.1850 se Dynín stal součástí tehdy nově vytvořeného lomnického okresu. V obci proběhly první volby do obecního zastupitelstva z nichž vzešel první starosta. V r.1923 byl Dynín úředně přejmenován.

 Z dřívějšího názvu Dinín vznikla dodnes používaná podoba Dynín. Největší stavební událostí v obci za první republiky byla stavba školní budovy. V Dyníně vzniklo JZD v r.1952 a postupně se sloučilo s JZD ve Lhotě, Bošilci a Neplachově. Činnost družstva změnila nejen vzhled krajiny, ale i obce. Vznikají zde nové hospodářské stavby, jako kravín, sušička obilí, drůbežárna a administrativní budova. Dynínský zemědělský areál se po dokončení v 70.letech stal jedním z nejrozsáhlejších na Českobudějovicku. V Dyníně sídlí obecní úřad a do katastru náleží ještě sídelní jednotky Hradina a Lhota.