Od středověku až do roku 1848 byly Čejkovice rozděleny mezi dvě vrchnosti. 

Začátkem 15. století patřila část vesnice bohatému budějovickému měšťanu Mikuláši Faulfišovi, zemřelému v r. 1411 a poplužní dvůr měl do své smrti r. 1414 Petr z Čejkovic. Po jeho smrti  získali dědictví machovičtí vladykové. Ve druhé polovině 15. století náležela část osady vladykům Kunášům z Machovic a druhý díl Faulfišův byl majetkem budějovické rodiny Pukliců ze Vztuh. Kunášové sídlili na machovické tvrzi, ale po stavovském povstání o svůj majetek přišli. Tvrz byla opuštěna a začala chátrat. Zřícenina byla jako rodová památka zachována do konce 18. století, ležela mezi rybníky Horním a Dolním Machovcem. Zdivo bylo později rozebráno, zbytky staršího tvrziště jsou mezi silnicí Křenovice – Čejkovice a rybníkem Motovidlem.

Jindřich Kunáš rodové sídlo opustil a přímo v Čejkovicích, patrně v období let 1587-1589 si vystavěl vlastní renesanční tvrz, kterou nazval  Vildštejn. Posledním Kunášem na Vildštejně byl  Jiří Jaroslav, který v roce 1687 prodal tvrz se dvorem a několika vesnicemi knížeti Ferdinandovi ze Schwarzenbergu. Tím připadla tato část vesnice k hlubockému panství. Druhá část vesnice patřila královskému městu Budějovicím.

Nejvýznamnější památku Čejkovic představuje bývalý panský dvůr, jehož barokní budovy byly přestavěny r. 1815 a přízemní objekt skrývá i pozůstatky renesanční tvrze Vildštejna. Na návsi stojí kaplička sv. Jana Nepomuckého se zvoničkou a také pomník padlých v první světové válce. Na návsi se zachovalo několik památek lidové architektury, severozápadně   od vsi stojí boží muka. Podle pověsti označují masový hrob mrtvých z kruté bitvy za třicetileté války.

Obec je obklopena rybníky, východně leží Čejkovický, dříve nazývaný Puklicovský, jižně je rybník Mlýnský, a pod ním Blatec. Středověkého původu jsou rybníky jižně ode vsi, které patřily k machovické tvrzi- Horní a Dolní Machovec, Motovidlo a největší Vyšatov.

Prvními spolky, které se v obci založily byl sbor dobrovolných hasičů na jaře roku 1912, ale započaté dílo bylo překaženo a řádně byl hasičský sbor ustanoven v roce 1923. Dále to byl okrašlovací spolek, jehož členové osázeli lípy u pomníku padlých v první světové válce.  Dalšími 23 lipami osázeli náves v roce 1930. Do r. 1932 se traduje vznik baráčnické obce Vitoraz, dále spolek ochotníků „Jirásek“, který si v r. 1922 zřídil vlastními silami jeviště a divadelní představení pořádala i školní mládež.

Elektrický proud byl do obce zaveden roku 1940, telefonní spojení v roce 1948, zemědělské družstvo vzniklo v r. 1950, pravidelná linková doprava v roce 1959.

Škola byla otevřena r. 1815, předtím děti docházely do farní školy v Pištíně. Vlastní školní budova byla postavena na paměť 40. výročí panování Františka Josefa I., připomíná to základní kámen z r. 1888 a vyučovalo se zde až do roku 1976. Mateřská škola zde byla otevřena roku 1950. V roce 1950 si občané svépomocí postavili kulturní dům – taneční sál na místě bývalého ovčína. Je to přízemní budova, kterou obec využívá dodnes.

V obci byly živnosti: hostinský, kolář, kovář, kramář a pekař, obchodník se  smíšeným zbožím, lihovar. Lidé v obci hospodařili na svých gruntech, obhospodařovali svá pole a živili se zemědělskou výrobou.

Na území žije 294 obyvatel.