Počátky osídlení obce nejsou známy. Rovněž o vzniku názvu obce existují pouze dohady. Nejstarší záznam o Kozolupech je v latinské listině kláštera kladrubského z r. 1186. V ní se praví, že Bředslav z Kozolup daroval klášteru část své půdy. Hlavní obživu lidem poskytovalo zemědělství. Kladrubský klášter postupně chudl a většina půdy v době pohusitské už patřila pánům světským. Začátkem 17. století získávají statky majetní měšťané plzeňští, kteří zdejší úrodnou půdu využívají hlavně k pěstování ječmene pro pivovarský slad.
30letá válka zpustošila obec a její nové osidlování provádějí zčásti čeští, zčásti němečtí sedláci. Obec získávají do svého panství postupně rytíř Jan Strachovský ze Strachova a šlechtický rod Schirnbigů, za jehož panství se obec zcela poněmčila.
V 19. století pak až do 1. světové války patřily Kozolupy hrabatům ze Schonbornů. Školský, náboženský a kulturní život probíhal v kostele a faře, které však byly v 30leté válce zpustošeny a po více než 100 let opuštěny. Teprve v letech 1777 až 1782 byl postaven nový farní kostel sv. Štěpána v nádherném barokním slohu. Druhá pol. 19. století znamenala doplňování zemědělské obce o dělnickou třídu. Příslušníci zemědělských rodin nacházeli zaměstnání v uhelných dolech v Nýřanech a české osidlování přinesla i nově vybudovaná železnice. Vznikl zde i český průmyslový podnik na výrobu bronzových barev. Vznikla zde i česká vlastenecká organizace Národní jednota pošumavská, která umožnila osídlení obce českým lidem. Po 2. světové válce je německé obyvatelstvo odsunuto a obec se nově osidluje a počešťuje.