Zdejší krajina byla osídlena již za doby kamenných mohyl (zhruba 3.století před  Kristem), o čemž svědčí mnohé nálezy pohřebišť. Původní vesnice byla založena v 11. – 12. století našeho letopočtu EPEM (Epo byl plzeňský měšťan, který vlastnil část obce) a rozkládala se v údolí mezi Čilinou a Skálami.              

První písemná zmínka o Ejpovicích pochází z roku 1331, kdy vesnice patřila špitálu sv.  Máří Magdalény v Plzni. Konrád z Dobřan zakoupil Ejpovice pro tento špitál a  král Jan vesnici osvobodil od placení královské berně.               

Určujícím rozvojovým prvkem byla pro obec zemská stezka vedoucí tudy z Bavorska do Čech. Na původní královské cestě z Norimberka do Prahy stával hrad, který sloužil jako ochranná pevnost pro obyvatele. Z roku 1375 jsou známi dva vladykové Ejpovští – Štěpán a Zifríd, kteří se usadili na ,,Starém zámku“ u Ejpovic (Hrádek). Hrádek se  nacházel naproti vesnici Klabavě a stal se sídlem téměř všech pánů Ejpovských.            

V držení vesnice se postupně vystřídalo mnoho pánů a vladyků (např. 1379 Ctibor ze Švamberka, 1398 Beneš z Ejpovic, 1505 Staněk z Pavlovic a další), až roku 1537 prodali Kryštof a Václav Točníkové z Křimic spolu se svým strýcem Janem tvrz Ejpovice (nové sídlo šlechty, nacházelo se ve vsi), ves Kyšice a Hrádek městu Plzni. Od té doby Hrádek pustl a již nikdy nebyl obydlen. Do dnešní doby se dochovala jen malá část hradního zdiva a označení ,,K Starému zámku“. V 17.  století byla v obci zahájena intenzivní těžba železných rud a byl zde postaven vodní hamr, který pracoval pro Horomyslické železárny.            

Vesnice byla rozdělena pod držení Rokycan a města Plzně. Toto rozdělení je patrné i ze stavebního stylu jednotlivých, do dnešní doby zachovaných, zemědělských usedlostí z přelomu 19. století. Usedlosti, které byly pod správou města Plzně měly své vjezdy postaveny v barokním stylu a naopak usedlosti spadající pod Rokycany stavěly se ve stylu renesančním.