První zmínky o obci Netunice pocházejí již z roku 1192, kdy v obci hospodařilo šest sedláků, několik chalupníků a domkářů a byla zde i jedna hospoda. V té době vlastnil obci Jan z Netunic. Další majetkové poměry byly však značně spletité. V roce 1379 byly Netunice rozděleny. Jedno popluží vlastnil blíže neurčený Ctibor a další díl patřil paní Anně, která byla provdána za Racka z Nebílov, tím byl další díl připojen k Nebílovům. Syn paní Anny, Vilém, pak zdědil Netunice jak po matce tak po otci a stal se tím předkem Netunických z Nebílov, jež měli ve svém znaku koně.

V roce 1395 Netuničtí z Nebílov, Oldřich, paní Anna, její syn Vilém a dcera Eliška, založili kaplanství při prusinském kostele. Vilém byl přísně katolického smýšlení, a proto mu nepomucký opat Arnold, krátce před začátkem husitských válek, zastavil klášterecké dědiny: Blovice, Střížovice a další společně s jejich vesnicemi. Na počátku náboženských válek bojoval Vilém proti husitům na katolické straně a roku 1425 a 1433 dosazoval k prusinskému kostelu katolické kněze. Ještě roku 1454 vlastnil nepomucké vsi syn Viléma, rovněž Vilém, který své vlastnické právo musel doložit před komisí, která byla k tomuto účelu předem sestavena.

Dalšími majiteli obce byli Jan a Hynek, kteří si ke svému vlastnictví, roku 1548, připsali do zemských desek rovněž tvrz Netunice s poplužním dvorem a celou vsí, jakožto dědictví po svém otci Jaroslavu z Nebílov. Poslední majitelkou obce je za Netunické z Nebílov v hisorických pramenech uvadena sestra Jana a Hynka paní Dorota, která zemřela roku 1575.

Ke konci 16. století se stal majitelem Úlic a Netunic Apolon Úlický z Plešnice, který obě obce získal po dělení majetku se svými bratry. Pomátkou na rod Úlických z Plešnice je kámen zazděný do věže nedalekého prusinského kostela, na němž je vytesán znak tohoto rodu , jenž představovala konvice.

Po Úlických z Plešnice získal Netunice trhem pan Petr Hertenberg z Hertenbergu, který roku 1634 zemřel a Netunice zdědil jeho syn Jan z Hertenbergu. Ten ves, netunickou tvrz i dvůr roku 1643 prodal zbohatlíkovi z třicetileté války Mikuláši Mirabellovi z Treuhofu a jeho manželce Markétě Kateřině. Mikuláš byl významným plzeňským měšťanem a později se stal dokonce plzeňským radním. Netunice měl v državě více než 20 let a až roku 1666 je prodejem podstoupil radovi nejvyššího soudu purkrabství Janovi Jindřichovi Šelfingerovi z Rörsdorfu a jeho ženě Dorotě Benigně. Manželé však, dle historických pramenů, hospodařili velice neuváženě a brzy nadělali tolik dluhů, že se Netunice musely spravovat sekvestrem, což byla úředně ustanovená přechodná správa majetku.

Nařízením komisařů zemského soudu prodali Jindřich a Dorota roku 1672 statek Netunice Janu Bedřichu Winklerovi z Haimfeldu. Po něm pak roku 1675 Netunice vlastnil společně s Nebílovem, Žákavou a Nezvěsticemi Arnold Alois Engl, svobodný pán z Englflusu. Ten již o 10 let později všechny statky prodal Janu Jindřichu Kokořovcovi, hraběti z Kokořova a Netunice se tím i s ostatními statky připojily ke Šťáhlavům a Nebílovům. V roce 1705 přešly Netunice prodejem do državy hraběti Adamu Jindřichu ze Steinau, kterýžto byl bývalým polním maršálkem benátské republiky. Po jeho smrti roku 1712 zdědila panství jeho dcera Antonie, hraběnka z Vrby, která je v roce 1715 prodala Antonii Černíkové, držitelce Štáhlav, která je v historických záznamech poslední uvedenou majitelkou obce. Více již o dalších držitelých Netunic nevíme.

Z histrických památek se v Netunicích, v areálu hospodářského dvora, dochovala renesanční tvrz ze 16. století na půdorysu ve tvaru písmene L. Netunická tvrz nebyla panstvem od 17. století využívána a postupně chátrala. V roce 1780 byla pak přestavěna na sýpku. Stavební úpravy se prováděly v 19. a 20. století a zachovaly se zbytky psaníčkových sgrafit a pískovcové ostění brány u oken v 1. patře. Celý areál patří dnes soukromému majiteli a veřejnosti je nepřístupný.