Jméno osady Libeň vzniklo přivlastňovací příponou z osobního jména Luba (Ljuba) a znamenalo Lubův (Libův) dvůr. Přehláska u i je způsobena měkkým 1.

Libeňské zboží se připomíná v 15. století. Na pokraji osady lze ještě dnes spatřit zachovalé hradiště zalité vodou z blízkého potoka. Tvrz byla ze všech stran chráněna širokým bahnitým příkopem.
Z držitelů tvrze je znám toliko Mikeš Petrold z Libně, který vládl místnímu poddanému lidu v letech 1452 – 1461. Měl nějaké platy i v Myštěvsi. V 16. století už byla tvrz opuštěna a připadla se dvorem k panství novobydžovskému. V roce 1569 nastěhovali radniční páni do libeňského dvora poddané města. Osada se však pro nedostatek selské půdy nemohla nikdy rozvinout. Na konci 18.století měla jen 4 popisná čísla.