Kostel vznikl na počástku 16. století. Dnešní pozdněgotická podoba je výsledkem radikální přestavby, kterou v letech 1602-03 provedl stavitel Ondřej Balzer. Nad vchod umístil znak Moravské Třebové a erby tehdejšího majitele panství Ladislava Velena ze Žerotína a jeho ženy Bohunky z Kunovic.

Od svého vzniku sloužil kostel jako místo, kde zdejší měšťané pohřbívali své mrtvé. Na zdi a do podlahy objektu umisťovaly bohaté rodiny své náhrobní kameny. Tento soubor náhrobků pak pokračuje v lapidáriu zřízeném z někdejší kaple. Ke hřbitovu vedly z města tzv. Schody mrtvých s renesančním portálem z roku 1575.