Je to raně barokní stavba mohutných rozměrů s bohatou vnitřní výzdobou. Na hlavním oltáři je velký obraz „Zjevení sv. Jana Křtitele poustevníku Ivanovi“ z r. 1695. Nad oltářem stojí velký kříž, který sem byl kdysi darován od poutníků ze Starého města pražského. Původně stával na památném Karlově mostě v Praze. Na kruchtě je veliký barokní obraz (3,5 x 6 m) „Položení základního kamene zdejšího kostela“ od Joachyma Bachmana. Vzácná je mramorová křtitelnice, na niž najdeme letopočet 1576. Uprostřed kostela stojí bohatě zdobený náhrobek sv. Ivana, kde je umístěna postříbřená a pozlacená schránka s ostatky poustevníka Ivana. Kostel je propojen se starým skalním kostelem – jeskyní sv. Ivana. Vedle památek na poustevníka je zde také krypta a staré náhrobní kameny opatů kláštera. V části jeskyně je zachována přirozená travertinová jeskyně, zdobená původní krápníkovou výzdobou.
Hned vedle kostela, pod oknem Ivanovy jeskyně vyvěrá silný pramen léčivé vody, Pramen svatého Ivana. Voda ze zdejších pramenů byla v minulosti stáčena do lahví a prodávána jako minerální voda „Ivanka“.