Dnešní muzeum stojí na základech, které v Kutné Hoře roku 1877 položil archeologický sbor Vocel. Za své poslání si vytýčil, aby 'písemní a umělecké památky ve zdejší krajině byly sbírány, před zkázou chráněny a známost o nich a tím i větší šetrnost k nim v lidu se budila, šířila a udržovala'. Kutnohorské muzeum pokračuje ve stejném duchu dodnes. Soustřeďuje se na dějiny regionu: na samotnou Kutnou Horu jako královské horní město, na středověké důlní a mincovní památky, geologii kutnohorské oblasti a numizmatiku. Přitažlivost expozic umocňuje jejich scénické pojetí a hlavně původní středověký důl, kterým mohou návštěvníci procházet.

Současné muzeum se soustřeďuje na postupné budování rozsáhlé nové stálé expozice (dle finančních možností), jejíž náplň a scénáře jednotlivých dílčích částí vycházejí z hlavní charakteristiky sbírkového fondu a pracovního i badatelského zaměření muzea. Odborní pracovníci muzea spravují více než 170 000 sbírkových předmětů. Nejrozsáhlejším fondem je archeologie, čítající téměř 120 000 kusů sbírek. Obrovský a ve své specializaci významný je také fond numismatický (zahrnuje mince, medaile, svátostky, bankovky atd.). Dosahuje cca 19 000 kusů. Výtvarný fond o 9 000 kusech sbírek zahrnuje obrazy, kresby, grafiky i plastiky. Rudy, minerály, horniny a sbírky paleontologické jsou uloženy v počtu téměř 7 000 ks ve sbírkách geologických. Stejného počtu dosahuje i rozsáhlý fond uměleckého řemesla, jehož základ, obdobně jako u fondu archeologického, byl vytvářen jižod konce 19. století. V tomto fondu jsou samozřejmostí i takové předměty, jejichž popis nesmí chybět v žádných dějinách hmotné kultury. Exponáty speciálního fondu báňské techniky patří k nejstarším v Evropě.

Muzeum může ze svého sbírkového bohatství vystavit ve stálých expozicích pouze zlomek. Muzejní sbírky jsou proto představovány i v dalších rozmanitě tematicky zaměřených sezónních výstavách. Všechny budovy muzea mají kromě sálů stálých expozic i výstavní síně. Každoročně muzeum uspořádá průměrně 6 až 8 výstav. Poskytuje též výstavní prostory umělcům různých směrů a oborů.
Celoročně pracuje muzeum jako badatelské, poradenské, knihovní a konzultační centrum pro veřejnost. Prakticky nepřetržitě funguje muzeum jako neoficiální informační centrum pro turisty domácí i zahraniční.
Za jeden rok poskytnou muzejní pracovníci badatelské služby a informace o muzejních sbírkách více než stu zájemcům. Tím však aktivity muzea nekončí. V reprezentačních prostorách gotického Hrádku (hlavní budově muzea), který se stal i vyhledávaným cílem vzácných diplomatických a oficiálních návštěv Kutné Hory, zapsané na seznam UNESCO, se pořádají koncerty, přednášky, společenská setkání, rauty a slavnosti.