Původně románská stavba. Roku 1696 - 1699 dochází k rozsáhlé
přestavbě, kostel byl prodloužen a byla vystavěna nová věž pokrytá šindelem. Při požáru v r. 1716 vyhořela střední část obce
a také věž kostela. Obrazy křížové cesty, které byly do kostela umístěny v roce 1776, zaujmou nejen svým malířským výrazem, ale
i svojí rozměrností. Věž kostela v r. 1781 dostala cibulový tvar, stavitelem byl Andreas Voith z Popic. 
Interiér kostela je barokní a tvoří ho hlavní oltář s vyobrazením mučednické smrti sv. Ondřeje. Vedlejší oltáře jsou zasvěceny Panně Marii Pomocné a sv. Antonínu Paduánskému. Na epištolní straně je kamenná křtitelnice, naproti ní krásná kazatelna se sochou sv. Pavla. Dvě okna presbytáře (prostor okolo oltáře) a okno v průčelí kostela jsou zdobeny malbou na skle.
Při požáru v r. 1806, kdy bylo v okolí kostela zničeno 39 domů, vyhořela také kostelní věž. Po napoleonském tažení v r. 1805 byla obec tak zubožena, že nebylo dost prostředků než na jednoduché zakrytí věže dřevem. Teprve v r. 1817 byla věž pokryta taškami. Roku 1860 byly Popice povýšeny na farnost a r. 1863 byla postavena nová věž, která stojí dodnes a platila za nejhezčí na Jižní Moravě.
Před kostelem stojí socha sv. Jana Nepomuckého z r.1775, která byla podle nálezů restaurátora v r. 1998 svědkem několika požárů věže kostela a velký pískovcový kříž.
S kostelem je neodmyslitelně spjato působení faráře
p. Františka Pokorného, konzistorního rady, který
v Popicích působil od r. 1918 až do své smrti v r. 1969, kromě doby, kdy byl zavřený v koncentračním táboře.
Kostel bývá přístupný obvykle při pravidelných bohoslužbách, které jsou vždy ve čtvrtek a první pátek v měsíci (léto - 17.00 hod., zima - 16.00 hod.) a v neděli (9.30 hod.).