Území obce Halenkovice bylo osídleno již v období paleolitu až neolitu - to dokazuje zejména nález ojedinělé štípané industrie. Z neolitu také pochází nálezy kamenných nástrojů a kultury lineární keramiky. V části obce Slačovy bylo vykopáno sídliště a žárový hrob z doby bronzové - kultury popelnicových polí, s lužickou keramikou. Žárový hrob kultury popelnicových polí byl nalezen také v místní části U Svatých. V části Jamy byla nalezena bronzová sekerka. Slovanské osídlení dokládá sídliště z doby hradištní na Pláňavách a v části Slačových nálezy keramiky.

Založení obce: Obec Halenkovice, původně zvané Alenkovice (či Alinkovice), založil Jan z Rotalu. Své pojmenování vesnice dostala podle Rotalovy první manželky Aleny (Aliny, Heleny Bruntálské z Vrbna).Vesnice "Allenkovice" se poprvé připomíná v listině vydané Janem z Rotalu v Olomouci 29. června 1634. V listině jsou uvedeny základní podmínky stanovené zdejším osadníkům vrchností a okolnosti spjaté s počátkem osady. Původní osadníci údajně mohli být, jak napovídají některé písemné prameny, vzbouření Valaši ze Vsetínska. Bližší informace o nejranějším osídlení Halenkovic však chybí. Přepis listiny vydané Janem z Rotalu v Olomouci 29. června 1634.

V 18. století byla vzniklá obec spojena s osadami Eleonorovice - Dřínová (dnes už neexistující část) a Kateřinice. Do posledních desetiletí si Halenkovice zachovaly zemědělský a pastvinářský charakter. Škola v Halenkovicích se připomíná v roce 1780. Roku 1865 byla, do té doby, jednotřídní škola rozšířena.

1900 - 1945: Až začátkem dvacátého století byla realizována výstavba silnic do obce a v obci. Silnice Napajedla - Halenkovice byla postavena roku 1902. V roce 1904 byla realizována silnice přes Zádřinoví, od mlýna na Dolině na Spytihněv roku 1911. Silnice Dolina - Kašpary - Pláňavy byla budována 1914 - 1918. S rokem 1928 je spojeno dláždění dříve blátivé cesty z Dolního konce a na Katernice. Používal se kámen z obecní skály. V roce 1901 byl založen Čtenářský spolek (od r. 1922 Čtenářsko-hospodářský spolek), který založil obecní knihovnu a vybudoval jeviště. V roce 1922 byl vybudován památník věnovaný obětem první světové války. Na základě sčítání lidu v r. 1930 bylo zjištěno, že Halenkovice mají 454 domů, z toho 444 obydlených. Počet přítomných osob byl 2 021. V r. 1932 bylo v obci 5 hostinců, 6 kupeckých krámů, dvě trafiky, mlýn a pošta. Dle politické správy patřily Halenkovice pod Uherské Hradiště. V roce 1934 rozvíjel osvětovou práci divadelní spolek Havlíček. Tělovýchovou se zabývaly organizace Sokol od roku 1919 a o rok později založený Orel, které prováděly také velmi bohatou divadelní činnost. Oba zmiňované spolky byly za války zrušeny. Pro výchovu mládeže zřídil Sportovní klub Halenkovice Kuratorium pro výchovu mládeže. Tento klub provozoval kopanou.

1945 - 1989: Halenkovice byly od válečných útrap osvobozeny 2. května 1945 rumunskými vojenskými jednotkami. Oběti druhé světové války připomíná pamětní deska v parčíku u nové školy. Po válce ze starých spolků zůstaly v obci pokrokový divadelní spolek Havlíček, Sbor dobrovolných hasičů a dále spolky hospodářského rázu. V letech 1945 - 1949 se uskutečnila elektrifikace obce, včetně veřejného osvětlení. V roce 1949 byla dokončena kanalizace na Pláňavách a Záhumení. Provedením kanalizace zmizely v centru obce otevřené a znečištěné příkopy. V r. 1951 proběhla úprava a rozšíření hřbitova, štětění cesty v Dědině u hasičského skladiště, štětění cesty na Králích. V této době je v Halenkovicích 22 telefonních stanic a telefonní ústředna na poště. Dne 16. října 1952 byl poprvé použit místní rozhlas. Tímto dnem končí vyhlašování obecních zpráv bubnem. V roce 1954 vlastní přibližně jedna třetina domácností rozhlasový přijímač, některé rodiny mají i televizi. V tomto roce se zahájila výstavba prodejny smíšeného zboží Jednoty na Dolině. V roce 1955 se prováděla přestavba vyhořelého kina a byly zřízeny skupinové vodovody. V letech 1957 - 1960 byla postavena nová školní budova, od tohoto období je v Halenkovicích škola devítitřídní. MŠ působí v obci od r. 1950. V roce 1964 se budovala kanalizace na Dolním konci, Katernicích a Pláňavách, byla vyštětěna cesta pod Kopcem a postavila se márnice na hřbitově. O rok později byl rozšířen vodovod pro ZDŠ a upraveny vozovky místního významu. Další důležité stavební akce probíhaly v r. 1972 - nákupní středisko, kanalizace Záhumení - Dědina, veřejné osvětlení Dolina, Kržle, Obecnice, Záhumení, posílení vodovodu Záhumení, autobusové čekárny na Kopci a U Svatých, generální oprava ZDŠ (výměna oken ve staré škole, nová dlažba). Dne 23. listopadu 1974 bylo slavnostně otevřeno nákupní středisko na Pláňavách. V roce 1975 byla v Halenkovicích vybudována cesta na Dolním konci, kanalizace v Dědině, chodník na Dolinu, rekonstrukce veřejného osvětlení a oprava fasády na budově základní devítileté školy. O rok později byla provedena oprava obřadní síně, oprava místního rozhlasu a vybudována cvičná kuchyně ZŠ. Halenkovičtí občané v centru obce trpěli několikaletým nedostatkem vody. V obci se stavěly nové domy, které byly připojovány na stávající a nedostačující vodovod, a tak se stávalo, že voda tekla v domácnostech jen hodinu denně. Navíc bylo třeba vodu chemicky upravovat, protože byla závadná. Vodovodní systém zásoboval v r. 1983 více jak 250 rodin, ZDŠ i ostatní občanské zařízení. Tři veřejné studny nebyly schopné pokrýt požadavek základního minima pitné vody. Proto byla zahájena I. etapa výstavby vodovodu. Bylo rozhodnuto, že vodovod se bude stavět ve třech etapách. Ke dni 1. listopadu 1980 proběhlo v celé naší republice sčítání lidu, domů a bytů. V Halenkovicích je v této době 617 bytů. Dne 19. prosince 1981 byla slavnostně otevřena přístavba školy - tělocvična a jídelna. Při této příležitosti byla uspořádána v nové tělocvičně výstava obrazů malíře Josefa Berana. V 1984 byl zahájen prodej popelnic a odvoz odpadků ze střední části obce. V roce 1986 byla slavnostně otevřena budova obecního úřadu, ve které se nachází sál, určený ke kulturním akcím, horní a dolní přísálí, využívané především k rodinným oslavám. Pod střechou budovy má své místo místní knihovna, ordinace praktického a dětského lékaře, kanceláře starosty, matriky a ekonoma obce a samozřejmě obřadní síň.

Halenkovice od r. 1991 do současnosti: V r. 1991 byl ukončen provoz místních vodovodů a obec byla připojena na nově vybudovaný vodovodní řad. V obecní radě bylo dohodnuto, že od r. 1992 bude halenkovická pouť probíhat podle starých křesťanských tradic 3 týdny po Velikonocích. Na jaře r.1995 vyšlo 1. číslo obecních novin s názvem Halenkovický zpravodaj - bezplatného čtvrtletníku, informujícího o dění v obci. V noci ze 7. na 8. 5. 1996 obrovské přívaly vod protrhly hráz rybníka nad Zádřinovím, zaplnily potok, který se vyvalil z břehů a zaplavil celé Zádřinoví. Pro předcházení podobným pohromám byla vybudována soustava zádržných nádrží. Dne 18.7.1997 se povodeň v Halenkovicích opakovala. Záplavy byly způsobeny dlouhotrvajícími dešti a přívalovými vodami. V katastru obce vznikly škody na nemovitostech, veřejném zařízení, komunikacích, mostech, propustech, vodotečích a zemědělských pozemcích. Došlo k lokálním sesuvům půdy tentokrát v jiných částech obce. Více než na půl roku sesuv, který postihl cestu mezi Pláňavami a Dolinou, rozdělil obec na dvě části. Se všemi rozmary počasí si obec a také obyvatelé museli poradit v co nejkratším čase. V dubnu r. 1998 byla zahájena I. etapa plynofikace obce. V červnu 1999 byla zahájena výstavba sítě pro pevné telefonní linky určené k přepojení na digitální ústřednu v Napajedlech. V rámci toho byly položeny i rozvody kabelové televize. 1. října 1999 vstoupila obec do mikroregionu Otrokovicko, jehož hlavním posláním je prostřednictvím strategického rozvojového plánu společně dosáhnout na finanční prostředky poskytované Evropskou unií v rámci vyhlášených dotačních titulů a programů. V r. 2000 byl Obecní úřad Halenkovice připojen na internet. Na konci devadesátých let byly v obci zřízeny základnové stanice všech mobilních operátorů, čímž byla celá rozsáhlá obec pokryta signálem pro mobilní telefony. V úterý dne 22.7.2003 se v podvečer Halenkovicemi přehnala větrná smršť s kroupami, která se dle meteorologů přibližovala intenzitě tornáda. Přírodní živel v naší obci napáchal množství škod. Bylo poničeno více než 50 střech na rodinných domech, příjezdové komunikace do obce byly zataraseny spadlými stromy, vyvráceny sloupy elektrického vedení, zaplavena komunikace v části Svaté. Dne 16.8.2003 byla v Halenkovicích slavnostně otevřena nová hasičská zbrojnice, jejíž součástí je společenská místnost a byt. Postupně se rekonstruují místní komunikace a dobudovávají části infrastruktury obce, jako například zastávky autobusů, parkové úpravy veřejných prostranství a sběrné dvory. V roce 2006 se uskutečnila velká oprava Budovy "nové" školy, tělocvičny a jídelny. Tělocvična a jídelna dostala novou sedlovou střechu, byla vaměněna okna v celé budově, provedeno zateplení a nová fasáda. V interiéru školy došlo také ke změnám. Opravena byla sociální zařízení a šatny. Budova "staré" školy dostala nová okna. Změnila se také dominanta Halenkovic - kostel sv. Josefa, na kterém byla opravena fasáda. V tomto roce byly také zahájeny práce na úpravě hlavní komunikace na Pláňavách - jednalo se o výstavbu chodníků a opravu cesty.