Záměr zřídit v Praze novou botanickou zahradu s všeobecným posláním se utvářel od poloviny šedesátých let 20. století.

Významným impulsem bylo usnesení tehdejšího Národního výboru hl. města Prahy z 29. března 1966, které vymezilo účel Pražské botanické zahrady: Byla zřízena jako osvětově naučné zařízení určené pro krátkodobou rekreaci obyvatel Prahy, s propojením na vzdělávací funkce PBZ s vědeckými aktivitami University Karlovy a Vysoké školy zemědělské v Praze.

Z původního záměru vybudovat jednu z nejrozsáhlejších klasicky pojatých botanických zahrad v Evropě na ploše 130 ha byla nakonec realizována pouze malá část. Je to zejména tzv. úvodní expozice, která byla v roce 1992 otevřena na ploše 3 ha a kterou obyvatelé Prahy znají jako vlastní Botanickou zahradu. V květnu 1997 byla PBZ rozšířena o expozici japonské zahrady, od dubna 2004 je pro veřejnost zpřístupněna jedna z nejkrásnějších pražských vinic – vinice sv. Kláry, v červnu 2004 se otevřel tropický skleník Fata Morgana. Botanická zahrada v Troji se zjednodušeně řečeno zaměřuje na návštěvníky, a tou je vedle odborníků především široká veřejnost.

Chceme všem příchozím zprostředkovat estetické zážitky, kterých zahrada nabízí během roku nepřeberné množství