Původní kostel ze 16. století byl zasvěcen svaté Anně. Na počátku 18. století byl už kostel, původně protestantský, v tak špatném stavu, že musel být stržen. V roce 1714 začala stavba nového kostela Nejsvětější Trojice na dnešním místě na úpatí Kostelní hory, kostel byl vysvěcen v prosinci 1716. Teprve v roce 1765 se však Perninští dočkali prvního vlastního katolického faráře, předtím sloužili v Perninku mše faráři z Abertam či Horní Blatné, popř. místní věřící museli chodit do kostela až do vzdáleného Hroznětína.Památkově chráněný kostel Nejsvětější Trojice je jednolodní obdélný barokní kostel s předsazenou hranolovou věží s vysokou jehlancovou střechou a trojboce uzavřeným presbytářem, při severní straně se nachází obdélná sakristie a obdélná kaple. Vnitřní prostory kostela jsou plochostropé, kryté rákosovým stropem. Vnitřní zařízení kostela tvoří hlavní oltář z počátku 18. století a hlavním obrazem z 2. poloviny 18. století. Ostatní zařízení je většinou rokokové z 2. poloviny 18. století.

Bohoslužby se konají:

ÚT  16:30 - mše svatá, od 17:30 farní společenství