Farní kostel Svatého Martina je položený nad horní částí obce, na vyvýšenině dříve zvané Kirchberg. Byl vystavěn v letech 1701 – 1703 za faráře Tobiáše Richtera na místě starší církevní stavby. Na tomtéž místě stál původní kostel, o jehož podobě nejsou dostupné žádné podrobnosti. Donátory stavby současného kostela byli tehdejší majitelé děčínského panství, kteří vlastnili trojí markvartický díl, hrabata rodu Thun-Hohenstein. Kostel vysvětil salcburský arcibiskup Johann Ernest Thun-Hohenstein v roce jeho dostavby. Základní mobiliář kostela patrně pocházel z kostela původního, postupně byl bohatě doplněn. V roce 1873 byl kostel renovován, včetně opravy fasády.

Vybavení kostela bylo barokní z první poloviny 18. století. Na poprsnici kruchty se nacházelo 24 obrazů světců, dále množství soch a liturgických předmětů. Kněžišti dominoval velký oltářní obraz Svatého Martina. Na druhé galerii kruchty byl údajně gotický vyřezávaný kříž s korpusem, dále zde byla zajímavá socha Matky Boží s dvojitým obličejem, zarámovaná elipsovitým růžencem. Mosazný lustr byl ze 17. století.

Velice pozoruhodné byly předměty, prokazatelně převzaté z bývalého evangelického kostela. Šlo o kazatelnu a kamennou křtitelnici. Obě nesly letopočet 1579 a erb Lutticů.

Po roce 1945 byl kostel bez oprav a potřebných renovací. Na sklonku 60. let 20. století byl odvezen veškerý mobiliář. V současné době se z mobiliáře zachovaly pouze čtyři sochy evangelistů, které jsou po restaurování umístěny v obnoveném kostele sv. Petra a Pavla v obci Růžová. Relikviář s ostatky sv. Martina je uložen v kostele sv. Václava v Srbské Kamenici. Ostatní bohatá výzdoba a součásti mobiliáře byly přemístěny do několika kostelů na Slovensku (okres Nitra), bez bližšího určení jejich současného umístění. Jeden ze zvonů je ve zvonici kostela sv. Anny v Jablonci nad Nisou. Prasklina korpusu jej ale učinila nepoužitelným. Varhany byly postaveny v první třetině 18. století, po renovacích a úpravách byly v kostele do začátku 70. let 20. století. Poté byly odvezeny na Slovensko a jejich nejcennější část – původní barokní, bohatě zdobená skříň, skončila kdesi na pile. Mimo náhrobní desky Johana von Pomischl z 18. století, se tak z kostela zachovala nepoškozená pouze křtitelnice, která byla součástí výbavy již kostela předešlého. V současné době je uložena v hlavní lodi pod kruchtou kostela Narození Panny Marie v Benešově nad Ploučnicí. Z vnitřní strany jižní zdi lodi kostela se zachoval kamenný náhrobek Leopolda Hirsch von Pomyschl, který je deponován v Okresním muzeu v Děčíně.

Poté, kdy byl kostel zbaven mobiliáře, byl v 70. letech 20. století uzavřen. Došlo k postupnému chátrání celého objektu. V roce 1973 byl na stavbu vydán demoliční výměr a kostel tak měl následovat osud mnoha kostelů okresu Děčín, tedy zbourání. Nedošlo k tomu, ale co nesvedl bývalý režim, dokonal zub času. Stálými průsaky neopravenou krytinou došlo k destrukci krovu, takže celá střecha se v roce 1984 propadla do lodi. Následovalo mnohaleté chátrání a přeměňování stavby v ruinu. V roce 2001 byla započata rekonstrukce celé věže, byla vyměněna báň a zpevněno zdivo. Roku 2003 započala obnova kostela, která trvá doposud. V roce 2004 byl zpevněn věnec hlavní lodi a apsidy presbiteria. Na podzim 2005 byla vynesena střecha nad lodí a poté vztyčen nový sanktusník.

Kostel samotný je barokní stavbou. Má jednolodní obdélnou dispozici s hranolovu věží v západní stěně a sedlovou střechu. Užší obdélný presbitář má zaoblená východní nároží a patrový přístavek sakristie v severní části. Věž, která tvoří západní část fasády nese i při soudobé obnově nárožní pilastry s lizénovými rámci a je zakončena cibulovou bání s lucernou a makovicí. Západní stěna lodě navazující na vystouplou věž, je zakončena římsou s volutovými křídlovými zdmi. Špice je obnovena podle původní předlohy a jde o kovový zdobený dvojramenný patriarchální kříž. Obdobně je také řešena dispozice sanktusníku. Boční fasády jsou v současnosti bez omítky, patrná jsou pouze převýšená polokruhová okna a zbytky lizénových rámců a pilastry. Okolo kostela leží bývalý hřbitov z 18. – 20. století se zbytky kamenných zdí, ve kterých se původně nacházely výklenky zastavení Křížové cesty. Vedle kostela stávala barokní kaple sv. Kříže, ze které zbyla pouze čelní východní stěna se stopami po barokní štukové fasádě. Nedaleko kostela stával pozdně gotický sloup, na němž byla umístěna barokní socha Panny Marie bolestné. Socha také stávala na zděném pilíři před budovou místního kina. Původní sloup je povalen a přelomen, socha se zachovala bez hlavy a horních končetin. Před vyvezením na skládku stavební sutě zachránil torzo sochy občan Markvartic a umístil ji na svou zahradu u domu č.p. 368.