První stavební kámen kostela byl položen v roce 1845. Protože stavba podle plánů architekta Franze Beera v novogotickém slohu rychle rostla, mohlo již 2. září 1846 dojít k zavěšení zvonů přenesených ze zámecké kaple a následujícího dne k prvnímu zvonění. Původně měl kostel tři zvony. Největší se jmenoval Josef, z roku 1725 a vážící přes 800 kg. Nejstarší byl Donát z roku 1629 a nejmenší byl Jan, o váze jen něco přes 200 kg. Dnes je na věži pouze jeden zvon. Svěcení provedl za velké slávy 16. května 1847 kardinál Bedřich ze Schwarzenbergu.Dominantní věž kostela je vysoká 56 m a je umístěna před západním průčelím. Kostel byl zasvěcen sv. Janu Nepomuckému, patronu Schwarzenbergského rodu, a 16. května se od té doby každoročně slaví v Hluboké nad Vltavou svatojánská pouť.