Kostel byl původně součástí premonstrátského kláštera. V rámci josefínských reforem na konci 18. století byl klášter zrušen a přeměněn na vojenskou nemocnici, která doposud tomuto účelu slouží. Konventní chrám se stal kostelem farním.

Svěcení kostela roku 1211 se zúčastnil Přemysl Otakar I. spolu se svou neteří, budoucí světicí Alžbětou Durynskou. Na současné podobě a výzdobě kostela se podíleli významní barokní umělci Jako Giovanni Pietro Tencala, Framtišek Antonín Maulbertsch, Josef Winterhalder mladší, Ondřej Schweigl nebo František Antonín Grimm. Roku 1894 zde byla pokřtěna blahoslavená Marie Restituta, popravená nacisty.