Vodní mlýn se nachází v údolí křemežského potoka cca 1 km západně od vsi Holubov při polní cestě do Křemže. Mlýn v Holubově zmiňován v majetku českokrumlovského panství již roku 1600, významnou úpravu pro mlýn přineslo 20. století.

V holubovském mlýně se i přes pozdější adaptace dochovaly z doby renesance tři obvodové stěny mlýnice pokryté psaníčkovými sgrafity, dodnes částečně patrnými. Po přestavbě roku 1929 byly dvě pohledově exponované strany pokryty pozoruhodnou fasádou ve stylu pozdní geometrické secese. Mlýn v Holubově je významnou technickou stavbou, která je dnes jedním z nemnoha zachovalých svědků velkého rozvoje mlynářství v 16. století.