Rokem 1401 se uvádí Hynek z Klokočína. Od husitských válek do konce 15. století drželi tvrz hlubočtí a zvíkovští manové, až roku 1588 se dostal Klokočín do rukou Kašpara Želízka z Tourového. Od roku 1615 tvrz trvale připojena k Protivínu. Klenby v přízemí a patře z 15. století, římsování komínu a stopy rustiky ze 16. století.