Rovnocennou a nedílnou součást zámeckého souboru tvoří děkanský chrám sv. Markéty.  Klenba v kupoli lodi nese fresku, oslavující sv. Markétu, namalovanou roku 1734 Karlem Františkem Tepperem. Baroknímu hlavnímu oltáři dominuje obraz Neposkvrněného početí s třinácti výjevy ze Starého a Nového zákona Před dolní částí obrazu stojí socha patronky chrámu, která vystupuje z těla draka. Autorem sochy byl roku 1733 sochař Caspar. 

Autorem přestavby kostela, stejně jako zámku, byl pravděpodobně Jakub Prandtauer, snad se konzultačně podílel na podobě chrámové stavby vídeňský architekt Johann Lucas von Hildebrandt.  S přestavbou kostela se započalo v roce 1716 a dokončena byla až v roce 1782.

Chrám byl v polovině minulého století v havarijním stavu a byl zachráněn díky děkanu P. Václavu Küchlerovi a s pomocí místních farníků. Vrata kostela byla ozdobena reliéfy místního učitele Josefa Kapinuse.