Pravěké osídlení obce je doloženo nálezy z doby protohistorické, a to 400 let před naším letopočtem až první desetiletí našeho letopočtu. Tehdy ovládli celé Znojemsko Keltové se svou vyšští latenskou kulturou. Z této doby je známé z Mackovic sídliště a kostrový hrob.

V době římské, a to první čtyři století našeho letopočtu byly naše země v moci germánských kmenů – Markomanů a Kvádů. Z Mackovic je z té doby známo sídliště a náhodný nález římské mince s letopočtem 75 našeho letopočtu z pole mezi Mackovicemi a dnešními Načeraticemi.

Jméno Mackovice dle profesora Wisnara je odvozeno pravděpodobně od jména Macko, jež tehdy bylo Matěj. Jméno obce je původu českého-slovanského. Mackovice jsou z nejstarších osad znojemského okresu. Připomínají se v záznamech již k roku 1052, kdy kníže Břetislav I. daroval tuto obec kapitole staroboleslavské.

V Mackovicích vládla původně místní vladycká rodina. Záhy pak přešla vesnice na vladyka z Plavče. Později se pak měnili majitelé. Roku 1390 se připomíná horní viničné právo, což značí pěstování vína. Ve své pečeti také obec měla vinný hrozen s nářadím.

Po bitvě bělohorské byla obec Mackovice a panství Moravký Krumlov konfiskovány pro účast ve vzpouře Berchtolovi Bohuchvalovi z Lipého a roku 1625 císařem prodány Gundakarovi z Lichtenštejna a od té doby mají Mackovice společné osudy s panstvím Moravský Krumlov.

Po skončení třicetileté války došlo ke kolonizaci a přistěhovalectví německých rodin. Postupem doby většina obyvatel před druhou světovou válkou byla německé národnosti.

Do katastru obce patří také zaniklá obec Ř e h o t o ř , která stávala v místech starého hřbitova, severně od obce. Zanikla také osada Libice a její katastr byl rozdělen mezi obce Mackovice a Břežany.

Mackovice po mnichovském diktátu byly okupovány až do 8. května 1945, kdy byly osvobozeny sovětskou armádou a nově osídleny po odsunu Němců.