Obec Výžerky se nachází v údolí čertovy brázdy, která vede ze Sázavy na Kouřim a je obklopena převážně jehličnatými lesy. Z dosavadních archeologických průzkumů vyplývá, že byla zdejší oblast osídlena již před 5 000 lety, v mladší a pozdní době kamenné. V 8. století našeho letopočtu bylo území osídleno rodem Zličanů. Naleziště z této doby jsou v okolí rybníka Propast a v Oplanech. První historicky doložená zmínka o obci pochází z roku1339, kdy byla ves společně se sousedními Prusicemi a Komorcemi darována markrabětem Karlem kostelu Všech svatých na Pražském hradě. Ke kostelu patřily Výžerky až do roku 1461, kdy se stal majitelem vsi Jan Čábelický. Již tehdy byly patrně Výžerky součástí zástavního statku Komorce. Čábeličtí zůstávali držiteli zástavního statku až do třetí čtvrtiny 16. století, kdy jej zastavili Janu Kutovcovi z Úrazu. Ze soupisu z roku 1586 je patrné, že zde býval poplužní dvůr, vytvořený větší částí z poddanských gruntů. Přímo v Komorcích byl pivovar se sladovnou a ve Výžerkách ovčín. V roce 1558 byly Výžerky prodány panu Jaroslavu Smiřickému ze Smiřic a od tohoto roku zůstala obec již natrvalo součástí černokosteleckého panství. V roce 1623 přešly do vlastnictví Lichtensteinů, jimž patřily až do roku 1848.