Počátky osídlení přerubenického katastru lze na základě archeologických nálezů možno zasadit do období kolem 5. století př.n.l.
Další nálezy pocházejí z přelomu 3. a 2. století př.n.l. a prokazují další sídliště keltské kultury.
O trvalém osídlení svědčí také nálezy z období mezi 3. a 5. stoletím n.l.
První písemná zmínka o Přerubenicích pochází z roku 1318, kdy je majitelem vsi uváděn jistý Předvoj, který užívá zdejší predikace stejně jako patrně jeho bratr Zdeněk. Oni jsou také považováni za zakladatele zdejší tvrze.
Ve druhé polovině 14. století se zde zapisuje i rod Hrabáňů z Přerubenic, kteří však mizí v roce 1391.
Další zprávy o vsi jsou až z roku 1524, kdy ji drží Dorota z Velikého Lipna.
V roce 1542, za Jindřicha Hořešovce z Libošína, je v Přerubenicích prvně uváděna tvrz, která je však staršího založení – zmíněn Předvoj a Zdeněk z Přerubenic.
Ve druhé polovině 16. století se začínají majitelé rychleji střídat a tak zde můžeme vystopovat Štampachy, Volfa z Vřesovic a opět Štampachy, kteří následně ves připojili ke mšeckému zboží.
Po roce 1623, kdy byl Štampašský majetek konfiskován, se k přerubenickému statku dostali Fürstenberkové.