Jméno Lišany je odvozeno od slova lísa, čímž se rozuměl nízký listnatý les, související s lískou.

Proto Palacký, dle základu slova, psal správně Líšany. Ovšem dle jiných zdrojů, základ jména tvoří slovo lysý.

Snad Lišany byly vsí Lysanů, lidí v osadě založené na místě lysém. Odtud Lysany, Lyšany, v kronikách i takto psané.

Lišany je prastará ves, kterou vévoda Friedrich daroval r. 1173 řádu Johanitů. V r. 1252 zde byl, dle listin,

dvůr královský. Král Václav tohoto r. vydal v Lišanech list kapitole vyšehradské. S králem zde byli přítomni olomoucký biskup Bruno, minorité Konrád z Vormsu a Dětřich, mistr Vecel a notář Herbort. Je ale velmi pravděpodobné, že na místě nynějšího kostela stálo nějaké lovecké hradiště a listina byla vydána na blízkém hrádku Hlavačově (Starém hrádku).

Ves byla několikrát zpustošena, i s kostelem byla vypálena např. r. 1450nebo r. 1620. Tehdy se přehnala třicetiletá válka a císařská armáda, která opustila ležení u Rakovníka se vydala 4. listopadu ku Praze. Lišany byly úplně spáleny a vyplašený lid se rozutíkal po okolí. Ale již v letech 1628-1629 dala Česká komora ve vsi postavit panský dvůr. Jeho základ tvoří centrum vsi dodnes, bohužel ve velmi změněné podobě (bývalé JZD, dnes soukromý majetek). K němu zabrala 14 a ¾ lánu dědin odběhlých sedláků.

Roku 1631 vpadli Sasové do Čech a v listopadu 110 jezdců vzalo Rakovník bez boje. Rakovničtí měšťané, spojivše se s nimi, vtrhli do Lišan a dvůr vyloupili. A tak roku 1633 podával hejtman zprávu, že v Lišanech jsou jen dva usedlíci a pustý dvůr. O rok později se na území Lišan rozložil plukovník Gallas s 22 kompaniemi.

Protože vrchnost potřebovala lid na práci, sháněla odběhlé poddané a pomáhala jim stavět obydlí. Už roku 1650 se můžeme dočíst ve starých listinách o panském dvoru, ke kterému patří rybník pod Borem (dnešní Bory), o svobodné krčmě (předchůdce zájezdního hostince, potažmo dnešní restaurace U Bidrmanů) , o špýcharu, podél jehož zdi chodí lidé dodnes, později pak o kamenném ovčíně. Název Ovčín nese samota u Borského rybníka také do dnešních časů.. Z hloubin těchto časů se vynořuje i mlýn Podhůrka, samota v mělkém dolíku, dnes zvaná Zákonův mlýn. První zmínka o tomto mlýně spadá do r. 1566.