Podle záznamu ve školských kronikách existoval kdysi dávno na řece Sázavě panský dvůr. Při velké povodni strhla dvůr voda, a na nynějším místě bylo vystavěno několik nových domů. Odtud název Nové Dvory. První písemná zmínka o osadě Nové Dvory je z roku 1444, kdy v Janovicích a ve Skrýšově u Polné vystupuje jako svědek při úlevách poddaných Petr Thalafusk z Nových Dvorů. Osada patřila až do roku 1850 k Polenskému panství. Při sčítání obyvatel v roce 1819 měla obec 36 čísel popisných a 221 obyvatel. V té době měla i vlastní školu, která byla též od roboty osvobozena. První zmínka o místní škole pochází z r. 1783, ale řádná jednotřídka byla zřízena teprve v roce 1837. Byla však umístěna v nevyhovujících prostorách. A tak r. 1838, za rychtáře Bartoloměje Grodla z č.p. 4 a konšela Jakuba Rosického z č.p. 13(též dohlížitel školní), obec rozhodla postavit školu novou. Dokladem o činnosti školy i obce je Pamětní kniha založená roku 1877. V roce 1930 měla obec 41 domů s 290 obyvateli. Nyní má 84 popisných čísel a 243 obyvatel.  Po správních reformách v polovině minulého století byla obec začleněna do soudního okresu přibyslavského a patřila tam až do roku 1945. Politický okres měla v letech 1850-1855 v Německém, dnešním Havlíčkově Brodě, od roku 1855 do 1868 v Přibyslavi, 1868-1884 v Polné a od roku 1884 v Chotěboři s vyjímkou let 1940-1945, kdy patřila do Nového Města na Moravě. Od roku 1949 je součástí okresu Žďár nad Sázavou. V roce 1960 byly Nové Dvory přičleněny jako osada k Velké Losenici. V roce 1992 obec získala zpět statut obce a od této doby funguje znovu jako samostatná obec Nové Dvory.  Dříve byla obec převážně zemědělská. Později začali pan Marek, tehdy jako jediný v republice vyrábět koňské vyorávače brambor a pan Doležal mlátičky, senomety, strouháky na řepu a další potřebné stroje pro zemědělce.