Název obce vznikl zřejmě od osobního jména Bohuň, Bohuslav. Prvním historicky doloženým záznamem o Bohuňově je zmínka z roku 1384 (v období vlády Václava IV.). Převážnou část své historie náležel Bohuňov k bystřickému panství, které v průběhu 15. století získali Pernštejnové, vlastnící jej do roku 1588. Relativně příznivější doba (v období pomalu nastupující renesance) přinesla také některé výhody, z nichž stojí za zmínku osvobození od povinnosti čepování panského vína a od bezplatného vožení panských ryb (počátek 16. století), spojené se jménem Viléma II. z Pernštejna. O století později (počátkem 17. století) se z povinnosti „živit vola“ a „vypravit dobrého koně se zbrojí, vozem a pacholkem na svůj náklad v případě války“ vyplatil zdejší zákupní rychtář (rychta, později hostinec, bývala v Bohuňově na čp.3). K období druhé poloviny 17. století lze již (písemnými zmínkami) doložit na území Bohuňova i Janoviček pěstování lnu (s tradicí do současnosti), který byl i součástí poddanských plateb vrchnosti.Během první poloviny 18. století se posledním majitelem bystřického panství (včetně Bohuňova a Janoviček, a zároveň i majiteli hradu Pernštejna a zámku na Dolní Rožínce) stal šlechtický rod Mitrovských z Nemyšle, který si na Bystřicku udržel prestižní postavení i v období první republiky, kdy již byly šlechtické a hraběcí tituly zrušeny. Z období před rokem 1850 se dochovalo obecní pečetidlo. Vlivem správní reformy se Bohuňov i Janovičky (stejně jako ostatní vesnice) stávají roku 1850 tzv. „místními obcemi“ (tj. základní územní správní jednotkou státu). V podstatě po celé století od roku 1850 náležel Bohuňov do soudního okresu Bystřice nad Pernštejnem, který spolu se soudním okresem Nové Město na Moravě a soudním okresem (Město) Žďár utvářely politický okres Nové Město na Moravě.  Ještě před první světovou válkou bylo povoleno zřízení školy pro Bohuňov a Janovičky. Nově postavená budova (tehdy na okraji Bohuňova, fotografie níže) byla otevřena v září 1908.V období první republiky (1918–1938) převažovalo v Bohuňově i v Janovičkách zastoupení dvou politic- kých stran – Republikánské strany venkovského a malo- rolnického lidu (zv. agrární) a Československé strany lidové. Z hlediska zastoupeného náboženství mezi obyvatelstvem převažovala stále výrazně církev římskokatolická (příslušnost k farnosti ve  Lhotě), zatímco českobratrská církev evangelická (farnost ve Veselí) tvořila vždy menšinu, avšak právě za první republiky v historii obce zřejmě nejpočetnější (přibližně 13 % obyvatel). Období meziválečné se mimo jiné vyznačovalo i  pestrým spolkovým životem (v němž dominoval Sbor dobrovolných hasičů, založený v  Bohuňově roku 1900) a  mnohými aktivitami spojenými s existencí školy (např. divadelní představení), v níž působilo ve 20. letech několik (v rámci regionu) významných osobností, z nichž stojí za zmínku např. Josef Věromír Pleva (pozdější spisovatel, vyučující zde ve školním roce 1925-1926).V září roku 1928 vztyčen pomník  padlým z první světové války. V roce 1929 se po přestavbě a vysvěcení proměnila zdejší zvonička na kapli sv. Cyrila a Metoděje. V mnohém zlomovým se stal rok 1931, kdy byla dokončena elektrifikace Bohuňova a od hraběte Vladimíra Mitrovského koupen les „Zady“ (současný obecní les). V poválečném období dochází k mnoha proměnám. Místo obecních úřadů jsou na vesnicích zaváděny Místní národní výbory (MNV), v nichž se již nemohou objevit zástupci tzv. agrárníků, neboť činnost této strany po roce 1945 nebyla povolena, ale naopak sem nově pronikají členové (či kandidáti za) KSČ. Zastoupení politických stran v obci však nemělo příliš velký význam, neboť vzhledem k zemědělskému charakteru vesnice zde byla spíše tendence sousedské výpomoci související s tehdejší nelehkou hospodářskou situací, ztíženou mimo jiné pobytem Rudé armády (především v Bohuňově)  a  rumunských vojsk (především u Janoviček)  v květnu  až v červnu 1945, a odchodem nemalého počtu rodin (z Bohuňova i z Janoviček) za účelem dosídlení sudet (zasahují- cích až k Poličce) na Svitavsko. Po třicetiletém usilování byla koncem 40. let konečně povolena a postavena silnice  Bohuňov–Domanín (kolaudo- vána v roce 1950), zajišťující kvalitní a rychlejší spojení do Bystřice. Po novém správním uspořádání, zavedeném v roce 1949, příslušel Bohuňov i Janovičky k okresu Bystřice n. P., náležejícímu do tehdy zřízeného Brněnského kraje. Přestože se v  Bohuňově již v prvních poválečných letech objevovaly náznaky pozdější kolektivizace venkova, polnosti zdejších rolníků nebyly prozatím ohroženy.

Po roce 1948 se však situace dramatizovala. I přes nátlak a agitace (pro založení JZD) z Okresního národního výboru bylo stále relativně únosné a výhodnější pro zdejší zemědělce hospodařit soukromě. Koncem 50. let, kdy byla politika státu vzhledem k soukromým zemědělcům již více než nemilosrdná, bylo již nevyhnutelné založení JZD. Přestože v Bohuňově vzniklo v roce 1957, až o 2 roky později do něj vstoupili (či spíše byli nuceni vstoupit) poslední samostatní zemědělci. Zlomový okamžik v historii Bohuňova i Janoviček představoval rok 1961, kdy došlo ke správnímu přičlenění Janoviček (zánik zdejšího MNV) k Bohuňovu a rovněž i ke sloučení obou místních JZD. V roce 1973 jsou k tomuto JZD integrována (tehdy doposud samostatná) JZD Lísek a JZD Domanín, čímž dochází k vytvoření velkého hospodářského celku s oficiálním názvem „Jednotné zemědělské družstvo Vítězný únor se sídlem v Bohuňově“. V druhé polovině 60. let vystavěna mimo jiné budova kulturního domu s obecním úřadem, s požární zbrojnicí a s hostincem.   Konec 70. let a 80. léta lze označit za období úpadku obce, s čímž souvisí zrušení 70 let fungující místní školy (budova je dodnes využívána jako kancelář (bývalého) zemědělského družstva) a zánikem místního MNV dochází (od roku 1979) k připojení Bohuňova a Janoviček k obci Lísek. I přesto v této době dochází (avšak z iniciativy místních obyvatel) ke stavební činnosti a k některým úpravám, z nichž je třeba zmínit úpravu návsi v Bohuňově.  Osamostatnění bylo možné až v roce 1990, odkdy se obec Bohuňov (s místní částí Janovičky) v některých oblastech (především ve vybavenosti) opět rozvíjí a modernizuje.