Obec Francova Lhota kdysi byla a znovu je (od vzniku samostatného Slovenska v r.1993) pohraniční obcí. Její vznik byl patrně důsledkem snahy panovníka o hustší osídlení a tím lepší zajištění obrany zemské hranice. Vznik obce je kladen do 2. poloviny 13. a 1. poloviny 14. století - i její název Lhota tomu napovídá. V té době bylo mnoho obcí zakládáno na tzv. lhotním systému. Ten znamenal, že osadníkům na nově osídlovaných místech byla poskytnuta lhůta - lhuota, lhóta - na určitou dobu, kdy byli osvobozeni od různých dávek a povinností vůči vrchnosti, aby se mohli usadit a vybudovat si domov a hospodářství. Lidé v tomto místě však žili již mnohem dříve, o čemž svědčí nálezy pazourkových nástrojů. První písemné zmínky však pocházejí až z počátku 16. století, kdy Lhota tvořila spolu se Senicí, Pulčínem a později zaniklou Zubrůvkou malé léno se vztahem k hradu Brumov. Několikrát změnila název podle svého majitele - jmenovala se Petrovská, Zbelova a nakonec Francova, podle posledního držitele léna Trystrama France z Háje, který zde sídlil v tvrzi připomínané v letech 1521 - 1530. Úmrtím Trystrama France z Háje lhotské léno zaniklo a r. 1549 splynulo natrvalo s panstvím Brumovským.

Obživu obyvatelům dávalo převážně zemědělství a pastevectví. Obec svým položením při hranici velmi trpěla od poloviny 16. století až do počátku 18. století. Bylo to období vleklých pohraničních sporů mezi moravskými a uherskými panstvími. Obec strádala také turkotatarským vpádem v září a říjnu r. 1663, kdy byla úplně vypálena. Každé povstání v sousedních Uhrách přinášelo další vpády do Moravy. Nejhorší období spadá do let 1700 - 1708, kdy byly vpády tak časté, že obyvatelé žili převážně v úkrytech v horách.

V období II. světové války byla Francova Lhota rovněž pohraniční obcí s německou posádkou. Byla osvobozena dne 2.5.1945 rumunskými vojáky.   
Obyvatelé obce byli chudí, neboť horská pole sotva stačila k obživě. Proto lidé za prací často odcházeli. V letech 1860 - 1914 to bylo za moře do Ameriky a v r. 1945 do pohraničí. Rozmach života v obci přinesla až 2. polovina tohoto století, kdy vyrostl v okolí průmysl a byla založena zemědělská družstva.