Vznik osady Prosenická Lhota není přesně znám. Osadu Prosenice a později i osadu Prosenická Lhota založili vladykové Prosenici, kteří byli příbuzní s Břekovci ze sousedního Suchdola. Ve 14. století na kopci nad dnešní osadou Prosenice vybudovali tvrz, později také poplužní dvůr a zde se také usadili. Po tvrzi není dnes ani památky. Vladykové z Prosenic bývali patrony hodětického kostela, jehož faráře ustavovovali. V roce 1364  po smrti faráře Beneše patronové Volkéř z Prosenic a Bernard ze Stajice jmenovali kněze Jana farářem v Hoděticích. Později se dvakrát připomíná Ješek z Prosenic a to v roce 1380 a 1400 při jistém jednání s rytířem Jarohněvem z Křečovic. Jíchou z Prosenic  v roce 1456 končí zprávy o zdejších rytířích. Před rokem 1538 byly obě osady trvale připojeny k panství v Osečanech. 
Na návsi v Prosenické Lhotě byla v roce 1892 postavena malá kaplička s věžičkou a zvonkem. Zvonička na návsi v Prosenicích má vytesaný letopočet 1868. Škola postavena na hranicích obou osad byla slavnostně otevřena v roce 1900. Pozemky bývalého poplužního dvora byly na základě pozemkové reformy v roce 1926 rozprodány mezi chudší zemědělce. Ostatek dvora byl jako zbytkový statek v roce 1931 rozdělen na 3 samostatná hospodářství a rozprodán.Nad Prosenicemi se tyčí památný strom. Jedná se o lípu jejíž stáří je víc než 400 let. Má obvod úctyhodných 620 centimetrů a ještě donedávna měřila přes 15 metrů. Dnes je lípa bez koruny ,kdy po úderu blesku strom začal hořet a koruna od kmene odpadla.  
V roce 1936 byl založen hasičský sbor v Prosenické Lhotě.