Bačkovice patří mezi nejstarší osady v kraji.Pojmenování obce se snad odvozuje z toho,že prvotní obyvatelé se zabývali chovem ovcí.Pastýř ovcí se jmenuje bača a z toho pravděpodobně vznikl i název Bačkovice.
První písemná zmínka o Bačkovicích se uvádí už v roce 1294.Ve 14 století daly Bačkovice příjmení šlechtickému rodu.Prvním byl Bohuslav z Bačkovic,po něm vzal tvrz jeho syn Adam z Bačkovic.Roku 1422 navštívili zdejší krajinu husité,ale není známo,zda byli i v Bačkovicích.
Tvrz byla pobořena a zpustošena v česko-uherské válce roku 1468,kdy vojsko Matyáše Korvína drancovalo jihozápadní Moravu.Roku 1602 prodala poslední majitelka Anna z Bačkovic tvrz polickému panství.
Roku 1850 byla obec začleněna pod politickou pravomoc Podkrajského úřadu v Dačicích.

Dnes má obec 59 domů a 142 obyvatel.