Připomínkou dávné minulosti, kdy na území obce bylo křídové moře, je množství nalezených fosilií a žraločích zubů. Na katastru obce bylo prokázáno tábořiště lovců mamutů.

Název obce pochází z 10.-12. století, kdy se na panovníkův příkaz v chrtnickém údolí usadili psáři. Úkolem psárů bylo cvičit lovecké psy, konkrétně zde chrty, proto si nechali říkat chrtnici.

Na konci 14. století patřily Chrtníky k choltickému statku, který byl ale někdy v té době rozdělen na dvě poloviny. Polovinu, k níž náležely i Chrtníky, prodal Jindřich z Chlumu a Košumberka řečený Lacembok 9. května 1397 Janovi z Lipky. V této listině o prodeji je také první písemná zmínka o Chrtnících, neboť majetek představoval "...polovinu tvrze v Cholticích, dvůr poplužní se dvěma rádly, dvory kmetcí s platy, v Chrtnících dvory kmetcí s platy a v Ledcích dva lány lesa s rybníkem horním...". Uvést všechno do pořádku měl s Janem z Lipky majitel druhé poloviny Choltic Václav Sekerka, který byl také na listině o prodeji uveden jako svědek.

V roce 1924 začala těžba diabasu v chrtnickém kamenolomu a tímto zásahem bylo navždy poškozeno jedno z nejkrásnějších údolí ve východních Čechách.