Území středního Pootaví bylo poprvé osídleno na přelomu 2. a 1. tisíciletí př. Kr. Je velice pravděpodobné, že tehdejší lidé žili i v okolí Pracejovic. Veškeré důkazy o tom však chybějí. V prvním století př.Kr. zde však nepochybně žili příslušníci keltského kmene Bójů, kteří již znali hrnčířský kruh a k leštění své keramiky používali tuhu z nedalekých ložisek. Své mrtvé pohřbívali do mohyl, z nichž jednu při polní cestě vedoucí z Pracejovic do Sloučína našel a prozkoumal v roce 1931 archeolog B. Dubský. Po vpádu Germánů do Čech se Pracejovicko vylidňuje a noví obyvatelé - Slované sem přicházejí až v osmém či devatém století a na vrchu Hradiště u Sousedovic zakládají hradiště. Koncem 10. či spíše počátkem 11. století vzniká na území dnešní obce osada. Podle jejího pozdějšího názvu soudí, že se v ní usadil rod Pracejův.

První písemná zmínka o Pracejovicku je listina z roku 1233 na které je uveden Makarov v majetku kláštěra sv. Jiří a dále listina datovaná rokem 1243, podle níž Bolemila, manželka Bavora ze Strakonic, darovala johanitskému řádu kromě několika vsí i peníze, za které johanité koupili Makarov. Ves Pracejovice náležela ve 13. století Bavorům ze Strakonic, který tehdy náležel mezi nejbohatší šlechtu tehdejších Čech. Zcela nepochybně mělo na tom zásluhu zlato, které se rýžovalo na Otavě i u Pracejovic. První písemná známka o Pracejovicích je z 22.1.1308, kdy Bavor III. prodává ves i s rýžovištěm, rybníkem a lukami taktéž johanitům. Samostatnou ves spravovali johanité prostřednictvím purkrechta.