Hlavatce se připomínají již od roku 1250. Ve 14. století zde bylo vladycké sídlo a roku 1354 jsou a archivních materiálech uváděni bratří Adam, Filip, Bernard, Bohuněk a Oldřich z Hlavatec jako patroni zdejšího kostela. Vladyka Ctibor z Hlavatec dostal příjmení „Roubík“ a jeho potomci užívali tohoto jména až do vymření rodu roku 1530.

Počátkem 16. století byla vesnice rozdělena na dvě části. První, s názvem Malé Hlavatce, patřila k Bechyni. Roku 1550 byla tato část obce přidělena ke statku Bzí panu Volfu Hozlauerovi z Hozlau. Druhá část obce, tzv. Velké Hlavatce patřila k Želči. Obě části vsi se následně dostali do majetku Petra Voka z Rožmberka, Velké Hlavatce pak koncem 16. století přešly správou pod Soběslav.