Borotín patří mezi nejstarší obce Táborska a již ve 12. století je dokladován jako majetek mocného jihočeského rodu Vítkovců. Jedna z větví tohoto rodu - páni z Landštejna - vybudovala na nedalekém skalním ostrohu nad potokem Tismenicí strážní hrad. Ten plnil důležitou funkci na staré zemské cestě z jižních Čech přes Borotín, Mezno a Miličín dále na sever k Praze. Ve stejné době jako hrad, tedy někdy začátkem 14. století, byl založen i borotínský kostel zasvěcený původně sv. Maří Magdaléně. Samotný Borotín vznikl patrně jednorázovým založením na místě původní nevýznamné vísky.

Roku 1333 byl Borotín povýšen na městečko. Z konce 14. století pocházejí doklady o tom, že Borotín měl právo útrpné a Šibený vrch západně od Borotína připomíná místo, kde stávala šibenice. Osudy Borotína v době husitských válek byly ovlivněny blízkostí Tábora. Mikuláš z Borotína byl od roku 1426 jedním z táborských hejtmanů, ale později od Táborů odpadl, a ti pod vedením Prokopa Holého počátkem května 1434 několik dnů hrad neúspěšně obléhali. Kolem roku 1446 se Borotín stal majetkem rytířského rodu Malovců z Malovic. Dodnes je připomíná jejich rodový znak, který se stal městským znakem Borotína. Naprostou zkázu znamenala pro Borotín třicetiletá válka. Nejen Borotín, ale i celé široké okolí byly několikrát vypáleny a vypleněny. Opuštěn byl i hrad, který v době obléhání Tábora koncem roku 1620 vypálilo císařské vojsko.

K rozmachu městečka došlo v první čtvrtině 18. století. Byla obnovena fara, pořádání výročních trhů, školní vyučování a sníženy robotní povinnosti. To již tvořil Borotín součást lobkowiczkého panství. Městečko znovu silně utrpělo v dobách neúrody a hladomoru v letech 1772-1774, jeho vývoj negativně ovlivnily četné požáry, z nichž ten největší v únoru 1863 zničil kostel, faru, školu a 44 stavení. V roce 1880 žilo v Borotíně více než 1000 obyvatel. Městečku se však vyhnula železnice, hlavní silnice a jakýkoliv rozvoj průmyslu. V té době také započal pokles počtu obyvatel.