Vznik obce se nedá přesně určit. První písemná zmínka o Bukovině je z 10.3.1399, kdy bylo v klášterních knihách uvedeno, že Petr Matějův z Bukoviny dosáhl nižšího svěcení.Holní Bukovina se jako osada Podbukovina připomíná prvně v roce 1556 (v lidovém podání se udržel dodnes), jisté však je, že již dříve při Zábrdce bylo několik stavení. Po vypálení kláštera v roce 1420 nebyl tento již obnoven a ves Bukovina přecházela spolu s jinými osadami z majitele na majitele, které lze rovněž dnes těžko zjistit.

Původní název Bukovina a Podbukovina dokazují staré gruntovní knihy z roku 1561. 4. května roku 1556 koupil Bukovinu i Podbukovina Jiří z Labouně. Jeho potomci majetek prodali 2. února roku 1612 Václavu Bundovcovi z Budova. Po jeho popravě na Staroměstském náměstí v Praze byl jeho majetek konfiskován a roku 1622 jej koupil Albrecht z Waldštejna. Přejmenování bukovinského dvora na "Kristiánov" vzniklo na počest Kristiána Waldštejna, který dal sešlé panské budovy v roce 1834 nově přestavět. Toto pojmenování bylo užíváno jen správou panství, mezi lidem se neujalo a po roce 1915 upadlo v zapomění. V majetku Waldštejnů zůstalo celé hradištské paství s oběma Bukovinami až do zrušení roboty v roce 1848, některé majetky vlastnili Waldštejnové až do roku 1945. Dnešní oficiální název Horní a Dolní Bukovina vznikl konce 18. století překladem z německého názvu "Ober Bukovin a Unter Bukovin".

V roce 1846 byla vytvořena politická obec Bukovina, která sdružovala Bílou Hlínu, Habr, Klášter a Horní a Dolní Bukovinu. Toto seskupení obcí bylo však rozděleno v roce 1920, kdy vznikly samostatné obce Bílá Hlína, Klášter Hradiště a Horní Bukovina s osadou Dolní Bukovina.

V roce 1960 došlo ke sloučení Bílé Hlíny s Horní Bukovinou a tak MNV v Horní Bukovině spravoval Bílou Hlínu, Horní a Dolní Bukovinu s chatovou osadou.

V roce 1990 se Bílá Hlína opět osamostatnila s vlastním obecním úřadem. O roku 1757 až do poloviny 19. století se připomíná v Bukovině škola, která však působila pouze přechodně, zejména v zimním období pro neschůdnost cesty do Kláštera.

Podbukovinský mlýn byl vystavěn v roce 1763, i když mlýn v Bukovině se připomíná již v 16. století.

V roce 1866 probíhala v blízkém okolí obce prusko-rakouská válka, o čemž svědčí mnoho pomníků a společných hrobů v katastru obce. Po této válce se zde rozšířila epidemie cholery, která si vyžádala stovky obětí. Jenom v Bukovině jí podlehlo během měsíce 20 místních občanů.

Neblahé důsledky pro zdejší obec měla i 1. světová válk, v které zahynulo 14 bukovinských mužů. Nelehký život připravila místním občanům i 2. světová válka, kdy některé jejich polnosti byly na tehdejším katastru Sudet a blízké obce Rokytá a Krupá byly na tzv. německé straně.

V roce 1936 v červenci na velké lidové slavnosti bylo otevřeno místní koupaliště, které si obec postavila z vlastních peněz, za velkého nadšení i finanční pomoci místních občanů. V současné době je pokládáno bukovinské koupaliště za jedno z nejhezčích v okolí, protože leží v klidné lesnaté krajině údolí potoka Zábrdky na pokraji Českého ráje.