Obec byla založena ve 3. - 6. století slovanským kmenem - Pšovany, kteří na zdejší území, soutok Labe a Vltavy, přišli v rámci velkého stěhování národů. V té době tedy vznikla osada muže s vranými (černými) vlasy - Vraňany (zároveň také osada stařešiny Jenše - dnešní Jenišovice a obec v Luhu - dnešní Lužec nad Vltavou). První doložená písemná zmínka o obci pochází z roku 1228, dle níž vlastnil ves svatojirský klášter v Praze. Po třicetileté válce patřily Vraňany pod mělnické a částečně také roudnické panství, pod jejichž správou značně zaostávala.

V roce 1800 v obci postaven mlýn a lihovar, který však dlouho nepracoval. V polovině 18. století nechal rakouský stát vystavět přes vraňanské pole železniční dráhu, jež vedla z Prahy do Podkomel a byla v té době teprve druhou železnicí v Čechách. Od původního plánu vést trať přímo přes ves bylo upuštěno kvůli velké povodni v roce 1847. Trať byla odkloněna a její výstavba trvala celých pět let. Jako výsledek obrozeneckých snah vyrostla v obci v roce 1865 škola, která byla o 17 let později rozšířena na dvě třídy. Roku 1890 měly Vraňany 88 domů a 640 obyvatel živících se převážně zemědělstvím, drobnými řemesly a plavbou po řece. V roce 1905 byl vybudován postranní plavební kanál z Vraňan do Hořína, aby byla usnadněna říční plavba.

O původu názvu obce existuje mnoho dohadů a teorií. V průběhu staletí prodělal název obce mnoho změn. Původní název obce z období kolem roku 1227 je Wranah, později Wranas (1233), Wranain (1336), Wranyas (1341), Wranie (1360), Wranays (1380), Wranianech (1522, 1544), ves Wraniany (1578) až do dnešní podoby - Vraňany. O významu názvu obce existuje dle jazykovědců jedna teorie, dle níž znamená jméno Vraňany ves Vraňanů, tj. lidí žijících ve Vraném nebo z Vraného přistěhovalých. Samotným pojem "vraný" byl prý podle starší teorie míněn černý člověk nebo les. Novodobá etymologie vykládá, že pojem "vraný", jež se shoduje s pojmem "černý", je obsažen v pojmenováních vrána, havran a mluví-li se o vraníkovi, je myšlen kůň zbarvený černě.