První písemný doklad se dochoval ze 14. století. V letech 1361-1409 drželi obec pánové z Janovic. V průběhu 15. a 16. století se zde vystřídalo mnoho majitelů. Za třicetileté války byla obec vypleněna Švédy a její obyvatelé byli zbaveni všech privilegií. Otázka, kdy byla obec povýšena na městečko, zůstává stále nezodpovězena. Roku 1717 udělil císař Karel VI. obci právo dvou jarmarků do roka. Z 18. století je také doložen městský znak. 
V období 1. republiky byla Nepomyšl městem se zámkem a dvorem Herbersteinů, se 3 mlýny a kaolínovými závody. Za zmínku stojí dvě architektonické památky - zámek, vzniklý na místě původní tvrze a kostel sv. Mikuláše - původně gotická stavba ze 14. století, barokně upravovaná v 1. polovině 18. století.