První zmínka o Blšanech je z roku 1238,  kdy je ves uváděna jako majetek valdsaského kláštera. V průběhu věků jsou Blšany v písemnostech uváděny např. jako Vlohen – 1238, Blssan, Blssano – 1357, Blssany – 1369, Blssany – 1623, Gütl Flöhen – 1688, Flöhau – 1720,  Stadt Flöhau – 1727, Blšany – 1854, od roku 1938 Flöhau a od roku 1945 opět Blšany. Někdy mezi lety 1238 a 1252 bylo na místě vsi založeno lokační městečko na křižovatce lokálních cest, a jak dokládá okružní ulice, bylo též opevněno. Brána směrem ke Stachovu je zakreslena ještě na plánu Blšan z roku 1727. Z majitelů je možno uvést (kromě již zmíněného valdsaského kláštera) k roku 1354 rod vladyků ze Rvenice, 1374–80 Jindřich, 1394 bratři Aleš a Bedřich, po roce 1407 Vlček z Minic, jehož potomci zde seděli po celé 15. století, 1541 Bohuslav Felix Hasištejnský z Lobkovic (do roku 1572), 1572–1595 Bohuslav Havel z Lobkovic, 1595–97 manželka Alžběta, rozená z Kolovrat, od 1597 sestra Anna Marie Vchynská, rozená Krakovská z Kolovrat. Pak do 1623 manžel Alžběty, Jiří ze Vchynic, do 1648 Jiří Karel Strasoldo, od roku 1648 Sylvie Kateřina Černínová z Millesima, později markrabský rod bádenský, od 1688 Antonín Jan Bedřich Libštejnský z Kolovrat, po jeho smrti prodáno pro dluhy roku 1709 Heřmanu Jakubu Černínovi z Chudenic a později připojeno k panství Krásný Dvůr. Již roku 1354 stávala v Blšanech tvrz, snad na ostrově Blšanky a mlýnského náhonu. Po roce 1572 byla renesančně přestavována Bohuslavem Havlem z Lobkovic. Roku 1623 uvádí se však jako nedostavěná a zpustlá. Později zcela zanikla. Farní kostel doložen k roku 1354. Barokní kostel sv. Michaela Archanděla vystavěn v letech 1716–17, roku 1762 postavena nová věž, v roce 1825 kostel vyhořel a byl obnoven. Barokní fara je z roku 1734.